C'est étrange, j'ai pourtant exactement les même répertoires installé que toi...
Tu devrais peut être essayer d'(ré)installer les paquets nécessaire qui normalement sont : sun-java6-jre et sun-java-plugin et ensuite relancer un
sudo update-java-alternatives -s java-6-sun
Si ça ne marche pas, tu peux aussi essayer d'installer une alternative au jre de sun comme celui de Blackdown, le paquet est j2re1.4 .
Une fois celui-ci installé tu peux lancer un
sudo update-java-alternatives -l
pour afficher les différentes possibilités et ensuite utiliser l'option -s pour choisir le nouveau jre.