Si l'attaque à réussie, ton problème n'est pas de relancer le serveur web, mais de ré-installer entièrement la machine.
Ensuite, ta question est très vague. C'est un peu comme si tu demandai comment éviter de tomber en panne en voiture. Une faille XSS est un défaut dans un site web. Si tu as développé toi même le site en question, et bien je dirai... en te formant d'avantage 🙂 Si tu utilise des applicatifs web trouvés sur le net, ne choisi que ceux qui ont un suivi sérieux concernant les problématiques de sécurité, et soit toujours à jours.
Après, il existe des solutions plus génériques en utilisant des firewall applicatifs, mais c'est généralement hors de prix pour un particulier.
Voici une boite française qui propose un produit de ce genre :
http://www.denyall.com/
Ca s'appelle rweb et globalement, c'est bien balaise. Mais encore une fois, c'est pas avec ton salaire que tu pourra te payer une licence 🙂