Salut KnY,
nouveau venu sur Ubuntu (que je ne maitrise pas du tout et pour lequel j'attends beaucoup de la part de la communauté), je suis heureux de pouvoir te donner quelques pistes sur de tels demandes (si j'ai bien compris ton besoin).
Au niveau des logiciels de Mind-Mapping, tu peux utiliser
Mindomo ou
MindMeister. Il te permettront, comme tout bon logiciels de Mind-Mapping, de structurer tes données (donc tes bookmarks dans ton cas), comme tu le souhaites. Il ssont payants à partir de 3 ou 5 cartes (et donc tout à fait opérationnels et gratuits en deça).
Si tu es un inconditionnel du libre, essaie
Wysemapping. C'est tout pareil, mais en 100% libre et gratuit. Attention toutefois : ce n'est pas du temps réelle : les modifications apportées ne seront visibles qu'une fois celles-ci enregistrées.
Franck.