Bizarre quand même que tu aies obtenu une erreur d'entrée/sortie si le problème était lié à être root ou non.
J'ai bien peur que le fait que ça fonctionne en root soit un effet de bord...
Il serait préférable de vérifier que ton disque dur est bien sain :
sudo smartctl -a /dev/sdX
où tu remplaces "X" pour que ça corresponde au disque en question.