voila, c'est de pam dont il s'agit :
http://blog.fkraiem.org/2013/03/13/linux-smart-card-authentication-pam/
il y a un equivalent tuto sur la doc anglaise de ubuntu, mais d'une part ubuntuforums est actu en "panne" suite au hack, d'autre part la section tuto semble ne plus exister d'apres l'auteur ci-dessus ...
la mise en place est complexe, un man exhaustif sur pam serait conseille, voir les howto linux