Il faut d'abord vérifier que les paquets gtk2-engines-oxygen et gtk3-engines-oxygen et kde-config-gtk-style sont bien installés.
Pour les applications GTK2 les réglages sont bien dans ~/.gtk-2.0 (plus un lien symbolique .gtkrc-2.0-kde4 qui pointe vers .gtk-2.0).
Pour les applications GTK3, ce qui est le cas des versions récentes de Synaptic, les réglages sont dans ~/.config/gtk-3.0/settings.ini
Pour Synaptic il faut donc avoir un fichier (normalement généré par le module de systemsettings) /root/.config/gtk-3.0/settings.ini
Pour exemple voici le contenu du mien :
[Settings]
gtk-font-name=DejaVu Sans 9
gtk-theme-name=oxygen-gtk
gtk-icon-theme-name=oxygen
gtk-fallback-icon-theme=oxygen
gtk-toolbar-style=GTK_TOOLBAR_ICONS
gtk-menu-images=1
gtk-button-images=1