Bon, j'imagine que ce n'est plus d'actualité mais ayant eu le même problème récemment (sous Ubuntu 16.04), je note une solution possible au cas où quelqu'un tombe sur ce message.
J'ai aussi joué avec
dpkg-reconfigure keyboard-configuration pour les touches compose & co. et j'avais aussi des problèmes pour taper tout ce qui dépend de
AltGr (@, €, #, etc.) uniquement pour ma session Unity (pas dans la console de base, pas sur une session invité). Quand je relançais
dpkg-reconfigure keyboard-configuration ça refonctionnait mais à chaque démarrage, rebelote.
La clé de l'énigme chez moi est que
ibus semble avoir gardé un réglage. Dans une console, si:
dconf read /org/gnome/desktop/input-sources/xkb-options
renvoie un truc du style
ralt, il faut faire:
dconf reset /org/gnome/desktop/input-sources/xkb-options
Une fois ceci fait, le problème a bel et bien disparu.