Bonsoir,
Chiffrage et déchiffrage sont fait "à la volée". C'est à dire au fur et à mesure des lectures ou écriture.
Néanmoins, lorsqu'on active le chiffrage sur une partition contenant déjà des données, le chiffrage des données existante est fait à ce moment (Etape de conversion).
Evidemment ça ralenti le système. Dans des proportions variables suivant le matériel, et le niveau de sécurité du chiffrage utilisé :
A méthode de chiffrage équivalente, plus la clef de chiffrage est longue (128 bits, 256 bits par exemple) plus le chiffrage est sur en principe, mais plus il consomme de ressources.
Il existe des mécanisme de chiffrage qui s'appliquent à une partition complète (cryptsetup
http://doc.ubuntu-fr.org/cryptsetup
truecrypt
http://doc.ubuntu-fr.org/truecrypt)
ou au niveau d'une arborescence de répertoire seulement avec ecryptfs
http://doc.ubuntu-fr.org/ecryptfs)
A priori c'est cette dernière option qui est proposée au niveau de l"installation.
Pour savoir qu'est ce qui est chiffré sur ton système, donner le résultat de
sudo mount -l
sudo parted -l
J'ajoute que chiffrer seulement le home comme suggéré ci-dessus peut-être suffisant pour se protéger contre un vol "simple" de l'ordinateur par les voyous du coin.
En revanche s'il s'agit de se protéger contre des attaquants plus évolués (espionnage industriel par exemple...)
Il est recommandé de chiffrer également la partitions swap, ainsi que le répertoire /tpm (qu'on peut également mettre dans une partition crypté) Car les données initialement chiffrées peuvent transiter dans ces emplacements après déchiffrage et être retrouvées par des experts.
Le chiffrage de la partitions root contenant les programmes peut se justifier également si certains programmes installés ou certains réglages du système doivent rester confidentiels....