Est-ce que c'est une impression ou bien le fait de compiler un logiciel via le site officiel du projet [...] est plus sécurisé que d'installer un PPA [...] ?
Ça dépend.
Si le gars qui maintient le PPA est sérieux, alors tu pourras avoir rapidement les bonnes mises à jour sur son PPA, pas de souci.
Par exemple sur des "gros" PPA gérés par des équipes qui sont parfois, à côté, les mainteneurs officiels des paquets concernés, alors ça devrait aller.
Compiler toi-même un logiciel, ça t'assure de sa provenance.
Mais là c'est à toi de t'assurer que le logiciel reste à jour.
Enfin bon, compiler iptables c'est super facile. Essaie un jour de compiler Firefox ou KDE, tu verras pourquoi il y a des PPA 😛 (plusieurs heures de compilation, dépendances complexes, etc)
Avec le dépôt officiel, tu gardes une version plus ancienne mais supportée, sur laquelle sont rétroportés les correctifs de sécurité, etc.