C'est expliqué dans la doc :
http://doc.ubuntu-fr.org/sudo#quand_doit-on_utiliser_sudogksudokdesudo
Quand doit-on utiliser sudo/gksudo/kdesudo ?
La règle est simple :
- Pour exécuter un programme en mode graphique, utilisez gksudo (Ubuntu et Xubuntu) ou kdesudo (Kubuntu) ;
- Pour exécuter une commande en mode console, utilisez sudo.
Prenez de bonnes habitudes !
À l'heure actuelle, on trouve plusieurs fois dans cette documentation, dans le forum et dans le planet l'instruction sudo <commande> pour exécuter de nombreux programmes en mode graphique avec des privilèges d'administration. Bien que ceci fonctionne quand même pour de nombreux programmes, vous devriez prendre l'habitude de lui préférer gksudo ou kdesudo. Utiliser sudo pour exécuter des applications en mode graphique peut causer des problèmes dans votre session utilisateur courante, vous empêchant de poursuivre votre travail.1)
(1) gksudo paramètre le dossier personnel (la variable d'environnement $HOME) pour l'application exécutée en mode privilégiée à /root plutôt qu'à /home/<identifiant> et copie le fichier .Xauthority dans un dossier temporaire. Ceci empêche que des fichiers du dossier personnel de l'utilisateur changent de propriétaire (et donc corrompent la session graphique en cours).