Hello,
Si c'est sur un disque dur utilisez tout simplement cryptkeeper + encfs.
Par ici :
http://doc.ubuntu-fr.org/encfs
Chacun son dossier avec chacun sa phrase de passe.
Avec cryptkeeper la gestion sans ligne de commande en mode graphique est aisée.
Il existe un version pour mac et un projet de portage sous windows expérimental existe...
ENCFS est compatible avec Boxcryptor qui lui est payant mais tourne sous windows.
Avantage de ENCFS c'est que c'est gérable sur le cloud, mais attention le chiffrement ne fait que retarder une personne qui a les moyens de voiloir déchiffrer un document.
Sinon pour gérer des dossiers chiffrés il existe aussi des solutions payantes comme ZED!