J'ai constaté le même défaut sur Debian
Texmaker 4.4.1
(compiled with Qt 5.5.1 and Poppler 0.26.5)
Texstudio qui est très voisin ne présente pas ce défaut. Toutefois, le nombre de raccourcis est assez limité, il n'est pas possible de créer des combinaisons de touches autres que celles préfixées par Ctrl Maj ou Alt. Je trouve pratique de définir des commandes préfixées par une mème touche de fonction pour regrouper toutes les commandes relatives à des fonctionnalités voisines. Par exemple F5+a F5+b etc.