Bonjour LJ,
Je viens de lire par hasard votre message. Je me suis donc questionné et je me suis rendu voir sur le site JFLAP afin de constater ce qu'il en était.
Le fichier que vous avez téléchargé est bien celui-ci :
http://www.jflap.org/jflaptmp/may18-07/JFLAP.jar ?
Si oui, alors, vous n'avez rien à compiler. Par contre, je vous invite à installer à partir de Synaptic les paquetages concernant le Java de Sun : sun-java (version 6).
Pour démarrer le logiciel, par la suite, vous pouvez en terminal dans le répertoire :java -jar JFLAP.jar
Perso, tout a démarré immédiatement.
Bonne Chance!