Salut,
J'ai moi aussi essayé ei.cfg removal utility, mais ça ne marche pas non plus, c'est un attrape couillon... Donc la seule manière de faire c'est d'extraire l'image ISO, supprimer le fichier et reconstruire l'iso.
Si tu veux faire un DVD universel, mais pas seulement avec une architecture, tu peux suivre ce tuto :
http://www.techpowerup.com/forums/threads/how-to-create-a-universal-windows-7-disc-aio-with-both-32-and-64-bit-versions.145356/
Avec ça tu auras toutes les versions 32 et 64 bits sur un DVD ! Je l'ai testé et ça fonctionne parfaitement.
Par contre ton histoire de clé correspondante, on ne peut pas le faire, enfin avec windows 8 c'est possible (choix de l’édition en fonction de la clé), mais pas avec 7.