Personnellement, j'ai un fichier .Xmodmap dans mon $HOME qui contient ceci :
keycode 0x73 = Multi_key
Ensuite, un simple
$xmodmap ~/.Xmodmap
permet d'avoir la touche « windows » de gauche qui s'utilise en tant que compose, sous X.
Pour automatiser ce chargement, actuellement au boulot je suis sous KDE, donc dans le répertoire $HOME/.kde/Autostart/ j'ai un script qui effectue cette commande.