Tu peux déjà tenter une réinstallation des paquets qui sont liés à compiz et installés par défaut:
sudo apt-get install --reinstall compiz compiz-plugins-default compiz-core libdecoration0 compiz-gnome
Ensuite, restaurer les paramètres d'origine de compiz
dconf reset -f /org/compiz/
ainsi que ceux d'unity
setsid unity
Autrement, si ça ne fonctionne toujours pas, tu peux refaire l'installation(*) d'Ubuntu, surtout si tu as un /home séparé; Dès fois, c'est tout aussi rapide que d'essayer de remettre comme c'était avant...
(*)
Réinstaller suppose de sauvegarder ses données personnelles avant toute manipulation.
Pour l'effet que tu recherche, je n'arrive pas à déterminer ce que tu veux... Si les fenêtres actives sont empilées, je ne vois pas comment il peut y avoir un déplacement entre elles..?! Essaie de trouver une image, une capture d'écran qui pourrait traîner sur la toile de ce que tu veux ou décris le avec un schéma et poste le ici.
Le plus souvent, un dessin vaut tout un discours. 😉
