Apparemment, ce n'est pas dans "Program Files" que ça a été installé, mais dans "Program Files (x86)".
Ta démarche est correcte, mais il faut protéger les espaces dans les noms de chemins avec des guillemets, ou en échappant le caractère espace : "Program Files (x86)/..." ou bien Program\ Files\ (x86)/...
Si tu arrives dans le dossier où est le programme à lancer, alors
wine stackbuilder.exe
(pour autant que ce soit son nom.