Les thèmes d'icônes sont stockés dans /usr/share/icons (niveau système) ou ~/.local/share/icons (niveau utilisateur). Un thème a une structure bien spécifique et peut avoir des thèmes enfants (si une icône n'est pas présente, il ira la chercher dans le premier thème enfant, puis dans le suivant s'il ne l'y trouve pas non plus, etc.). Les types de fichiers sont gérés par les icônes "mimetypes" d'un thème et tu auras de toute façon la même icône pour tous les fichiers d'un même type, tu ne peux pas en définir pour des fichiers spécifiques au niveau du thème.
Au-delà de ça, il y a les thumbnailers (qui n'ont rien à voir avec les thèmes d'icônes), qui sont des logiciels s'occupant de créer des vignettes pour divers types de fichiers (images et documents, tout ce qui est visuel). De plus, on peut assigner des icônes spécifiques fichier par fichier ou dossier par dossier en allant dans ses propriétés.
Donc, en fonction de ce que tu veux faire exactement, ça ne va pas forcément être géré au niveau du thème : si tu as par exemple plusieurs types de documents (par exemple documents LibreOffice, PDF...) qui ont la même icône et tu voudrais qu'ils en aient une différente (les LibreOffice une icône, les PDF une autre), il faut trouver un thème d'icônes plus complet ou compléter celui que tu utilises. Si, en revanche, tu veux gérer les icônes fichier par fichier, ça ne se passe pas au niveau du thème, il va falloir soit installer des thumbnailers manquants (s'ils existent) pour générer des vignettes d'aperçu de tes docs, soit leur attribuer des icônes manuellement via les propriétés des fichiers.
Enfin, si tu veux simplement différencier des dossiers, il y a
Folder Color, un soft qui permet de leur attribuer des couleurs via un menu mais il faut que le thème d'icônes utilisé soit compatible, ainsi que l'environnement de bureau (ou plutôt le gestionnaire de fichiers, mais les deux sont liés).