Je ne connais pas de commande précise. Je pensais à xprop...
Déjà, commence par vérifier les configurations de GTK3 (~/.config/gtk-3.0/settings.ini) et GTK2 (~/.gtkrc-2.0).
Si c'est ok de ce côté, j'ai trouvé ce lien
http://unix.stackexchange.com/questions/14129/gtk-enable-set-dark-theme-on-a-per-application-basis
la réponse 27 me paraît intéressante.
D'autre part, sur le Archwiki
https://wiki.archlinux.org/index.php/GTK%2B#Dark_theme_variant je cite
Some GTK+ 3 theme contain a dark theme variant, but it's only used by default, when the application request it explicitly. To use dark theme variant with all GTK+ 3 applications, set:
gtk-application-prefer-dark-theme = true
Bien, je viens de l'apprendre...
Optionnellement, tu peux aussi essayer d'utiliser lxappearance (si pas trop de dépendance) qui, d'après la même page, gère maintenant gtk2/gtk3 mais gnome-tweak-tool devrait normalement suffir. D'autant plus que j'ai mis les fichiers de config utilisateur au début du message. Ceux appartenant à root sont sur l'archwiki.
D'après les captures, ça ne ressemble pas à du Qt, ou alors l'apparence a été paramétré via un outil comme qtconfig-qt4 (attention! pour debian le nom peut être différent, cela m'avait surpris lors de ma migration vers arch).
Edit: J'ai oublié d'ajouter le fichier de config concernant qtconfig-qt4. C'est dans ~/.config/Trolltech.conf
https://wiki.archlinux.org/index.php/Uniform_Look_for_Qt_and_GTK_Applications#QGtkStyle