Bonjour,
Il semble que les mises à jour faites avec le gestionnaire de mises à jour soient souvent incomplètes, c'est ce que j'ai déjà constaté plusieurs fois et ça semble être de plus en plus vrai depuis la sortie de 16.04. Je conseillerais donc plutôt de les faire en ligne de commande.
à partir de 14.04 :
sudo apt update
sudo apt full-upgrade
pour les versions plus anciennes :
sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
Et pas d'inquiétude, ça ne risque pas d'endommager ton kubuntu !