Oui, c'est impératif de purger le PPA de Padoka avant de faire la mise à niveau :
sudo ppa-purge ppa:paulo-miguel-dias/pkppa
(Ensuite, tu redémarres.)
La version 17.04 intègre Mesa 17.0.3, qui est actuellement à jour, c'est donc inutile de remettre en place le PPA de Padoka après (il ne propose de toute façon pas de dépôt 17.04). Plus tard, s'il propose la nouvelle version de Mesa pour Zesty, il sera bien sûr possible de le remettre avec la bonne version.
C'est aussi fortement conseillé de purger les PPA éventuels qui ont mis à jour des logiciels inclus de base, du genre LibreOffice. À savoir aussi si tu es nouveau sur Ubuntu : tous les PPA sont désactivés lors de la mise à niveau. Il faut réactiver manuellement ceux dont tu as besoin ensuite, en vérifiant au passage s'ils existent pour la nouvelle version.
Pour ton clavier et ta souris, quel était le problème ?