Ça ne risque rien, tu peux valider le téléchargement. Ton navigateur affiche ce genre d'avertissement pour tout ce qui est fichier exécutable.
Cela dit, si tu veux installer Minecraft facilement, tu peux passer par
le PPA de Peeps, qui s'assure d'installer Java s'il ne l'est pas, télécharge le .jar sur site du jeu et crée un lanceur dans le menu Applications. Un détail, cependant : il n'a pas encore été mis à jour pour Ubuntu Zesty (17.04), mais tu peux l'utiliser en version Yakkety (16.10) sans problème ; il faudra juste modifier l'adresse du dépôt en conséquence.