Pour l'utilisateur final, Wayland est un peu plus rapide et nettement plus sécurisé.
Le truc lancé par Alt+F2 est une fenêtre gérée par Gnome Shell lui-même, elle fait partie de l'interface Gnome Shell par défaut (codée en javascript :
https://github.com/GNOME/gnome-shell/blob/master/js/ui/runDialog.js au même titre que la barre supérieure, le dash, l'horloge ou n'importe quel autre élément), et les développeurs ont donc eu la possibilité de lui donner quelques "commandes spéciales" qui sont internes à Gnome Shell et servent lors de son développement, mais qui ne pouvaient techniquement pas être des commandes bash : elles sont donc codées avec une vulgaire conditionnelle entre les lignes 48 et 67 du fichier dont j'ai posté le lien.
Mais normalement si on ne développe rien, on n'est pas vraiment censé utiliser ces commandes spéciales, et les simples commandes bash suffisent.
À propos de développement, voici une vidéo fortement intéressante :
https://www.youtube.com/watch?v=908-rwjBBKM
