Salut,
Les deux solutions pour moi c'est :
tree <tonDossier> > <fichier>
Qui listera le contenu de ton dossier de façon hiérarchique vers un fichiers texte.
Ou alors coder un script pour le faire, par exemple en PHP, une fonction qui liste le contenu du dossier, et en utilisant PHPExcel, tu pourra générer un fichier csv, xls, ...