Salut
La multiplicité de tes systèmes ne facilite pas la localisation du problème... le premier conseil est de TOUJOURS démonter proprement (en attendant le message de confirmation de déconnexion) un disque avant de le débrancher. Les problèmes de disque reconnu en RAW proviennent le plus souvent d'une corruption de la table de partitions à cause d'un démontage "sauvage".
J'utilise moi-même des disques et clés USB formatés en NTFS, FAT32 et ExFAT, entre Ubuntu, Win7 et Win10, et je n'ai jamais eu de problème de ce genre. D'après ce que tu dis, on dirait que c'est surtout Ubuntu 16.04 qui a des problèmes (y-a-t'il les mêmes soucis sur un disque que tu n'utilises que sur Win10 et Ubuntu 14.04 ?).
Tout d'abord, est-ce que le paquet ntfs-3g est installé sur ton Ubuntu 16.04 ? Essaye de le réinstaller :
sudo apt install --reinstall ntfs-3g
Essaye aussi d'utiliser un système de fichiers différent, par exemple le exFAT. Sur Ubuntu il faut installer exfat-utils et exfat-fuse, et pour le formater je te conseille de le faire depuis Windows. Est-ce que tu as les mêmes problèmes ?
