Sauvegarde les fichiers de config dont tu as besoin, et tente l'inverse : suppression complète d'Apache puis réinstallation :
sudo apt-get remove --purge apache2
sudo apt-get autoremove --purge
sudo apt-get install --reinstall apache2
Sinon, si tu sais exactement ce qu'il manque, c'est toujours possible de recréer les fichiers. Tu sais ce que tu as effacé ? Juste le contenu de ces six dossiers ?