C'est bon, en cherchant un peu (voir
ce topic), j'ai compris que les miniatures étaient stockées dans ces répertoires cachés :
~/.thumbnails
~/.cache/thumbnails/
J'ai supprimés ces deux répertoires en utilisant thunar en root, puis j'ai redémarré. Toutes les minaitures sont maintenant générées à nouveau et le problème est résolu.