Bonjour,
Il n'y a aucun problème, c'est normal. Ce n'est pas avec le firewall que tu pourras arriver à tes fins. Transmission est simpliste et utilise n'importe quel connexion pour travailler. Alors que qbittorrent permet de n'utiliser que le vpn, il a une option pour ça.
Capture d'écran de l'option en question (interface réseau) :
http://i.imgur.com/9KHXsnL.png
De plus, je recommande d'utiliser une protection contre les déconnexions du vpn, tel que VPNDemon ou VPN Lifeguard :
https://github.com/primaryobjects/vpndemon
https://github.com/Philippe734/VPN-Lifeguard