L'erreur persiste, il semble que le problème vienne du fichier *.xml.
dupont@Ordinateur:~$ VBoxManage extpack install --replace Oracle_VM_VirtualBox_Extension_Pack-$version.vbox-extpack
VBoxManage: error: Failed to create the VirtualBox object!
VBoxManage: error: Document is empty.
VBoxManage: error: Location: '/home/dupont/.config/VirtualBox/VirtualBox.xml', line 1 (0), column 1.
VBoxManage: error: /build/virtualbox-IbOf4v/virtualbox-5.1.30-dfsg/src/VBox/Main/src-server/VirtualBoxImpl.cpp[550] (nsresult VirtualBox::init())
VBoxManage: error: Details: code NS_ERROR_FAILURE (0x80004005), component VirtualBoxWrap, interface IVirtualBox
Il pourrait y avoir une erreur système car les fichiers ne sont plus reconnues, via Caja.