Souci lié à l'empaquetage flatpak ?
Souci lié à Mate ?
Là je sèche un peu !
J'ai une idée de secours pas très propre :
cat /var/lib/flatpak/exports/share/applications
montre que le .desktop est là
du coup on peut tenter :
cp /var/lib/flatpak/exports/share/applications/com.skype.Client.desktop ~/.local/share/applications/com.skype.Client.desktop
Dis-nous si après redémarrage tu trouves skype dans les applications.