1) Oui, si tu utilise un système de backup automatique, et qu'une personne vole ton PC (ou juste ton disque dur), et que ce disque n'est pas chiffré, alors il aura effectivement aussi accès à tes sauvegardes.
2) Je n'aime pas beaucoup ecryptfs pour des tas de raisons. Le plus sérieux en matière de chiffrement est effectivement d'utiliser LVM + cryptsetup. En faisant cela tu peux chiffrer absolument tout sur le disque.
Il existe des tas de tuto bien fait. Au pif celui la à l'air pas mal:
https://soozx.fr/installation-ubuntu-16-04-integralement-chiffre-mode-uefi/ubuntu-chiffre-guide-luks-lvm/
Et si tu n'es pas à l'aise avec LVM, alors tu peux lire la doc sur ce site, ou sur mon blog :
https://hoper.dnsalias.net/atdc/index.php/2010/11/04/lvm-les-bases/
(Plusieurs articles ou j'essaye de tout bien expliquer...) Et franchement, une fois que tu aura compris LVM, tu ne pourra plus jamais t'en passer 🙂
(avec ou sans chiffrement qui n'est qu'une couche supplémentaire).