Salut
Moi je suis sous Ubuntu 16.04 et Cinnamon comme bureau en 64 bits (skype ne fonctionne plus en 32 bits)
Ma version de skype n'est pas la flatpak mais la Deb du site ici
https://www.skype.com/fr/get-skype/
Il se peut qu'il reste des traces de Skype 4.3 l'ancienne version qui ne fonctionne plus .
Il as fallu pour la supprimer que je fasse un
sudo apt-get autoremove
pour effacer les traces de dépendances inutile.
Puis installer Skype 8.29.0.50 sans problèmes.
Cela ne résout peut-être pas ton soucis, mais un bon nettoyage s'impose parfois avec Ununtu tweak
ou par autoremove .