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J'ai le même problème. Depuis quelques temps FileZilla ne me permet plus de renommer, de supprimer ou de télécharger certains fichier accentués. Les lettres accentuées se transforment en symboles. Pour le téléchargement une erreur est affichée et le fichier est envoyé dans "Transferts échoués".
Par contre je ne rencontre pas de problème pour rapatrier ce mêmes fichiers avec ownCloud.
Vu que ce problème ne s'applique pas à tous le fichiers accentués, je pense que cela peut provenir du choix de l'encodage lors de l'enregistrement des fichiers. Par exemple lorsque ces fichiers ne sont pas enregistrés encodage ANSI lorsqu'ils proviennent de Windows ou en UTF8 ou autre encodage supportant l'accentuation.
En faisant une recherche j'ai trouvé dans la doc ubuntu-fr :
FAQ sur les encodages de caractères. Je n'ai pas encore lu mais je vais m'y intéresser dès que j'aurai un peu de temps.
Mais ce ne sont que des suppositions. Je n'y connais pas grand chose en encodage et j'ai oublié ce que j'avais appris il y a quelques années lorsque j'avais rencontré un problème similaire et que j'avais fait quelques recherches.
Attendons qu'un spécialiste s'intéresse au problème et apporte quelques solutions le cas échéant.