Enfin une piste !
Tu as ajouté
trois sources différentes pour installer R ! Ce n'est pas parce que tu vas les multiplier, que cela va arranger les choses.
Tu supprimes toutes les lignes suivantes :
# deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/ # désactivé pour la mise à niveau vers xenial
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/
# deb-src https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/
deb https://cran.biotools.fr/bin/linux/xenial/ xenial main
# deb-src https://cran.biotools.fr/bin/linux/xenial/ xenial main
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/
Pour éditer le fichier, entre cette commande dans un terminal :
sudo nano /etc/apt/sources.list
Ensuite, il faut voir si tu as vraiment besoin de la dernière version sortie ou si la version des dépôt te suffit. En fonction de ta réponse, on avisera.