Pour le fichier /etc/apt/sources.list, c'est bon.
Pour les dépôts tiers dans /etc/apt/sources.list.d/, je ne suis pas expert et ça aurait été bien que quelqu'un d'autre regarde, comme nam1962 qui s'occupe souvent de ce genre de choses.
Je crois qu'il recommande d'utiliser skype plutôt en flatpak, de manière à l'isoler du système et à ne pas utiliser de dépôt tiers justement.
Concernant grub-customizer, est-ce vraiment utile ? Mais peut-être que ce dépôt est propre et qu'on peut le laisser, je ne sais pas.
Concernant nordvpn et « rolfbensch-ubuntu-sane » (des drivers pour un scanner ?), je suppose que c'est utile, mais peut-être est-ce remplaçable par autre chose comme pour skype.
Bon, en l'état, il me semble que ça n'est pas catastrophique en tout cas, tu peux donc peut-être laisser comme ça et voir ce que ça donne.
Si tu as à nouveau des problèmes, tu pourras essayer de désactiver ces dépôts en renommant les fichiers *.list en *.list.old, par exemple
sudo mv danielrichter2007-ubuntu-grub-customizer-bionic.list danielrichter2007-ubuntu-grub-customizer-bionic.list.old
Puis tu passes un
sudo apt update
pour prendre en compte la modif au niveau d'apt, et enfin
sudo apt upgrade
pour mettre le système à jour.
Bien sûr, il faudra peut-être avant ça repasser les commandes données en #16 pour nettoyer et réparer : à faire le cas échéant.