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Mariadb refuse de se lancer

L'Africain

Bonjour à tous,
J'ai installé dans une petite structure médicale au Congo, Freehealth qui en fait est une interface graphique à Mariadb. Or depuis un certains temps impossible de se connecter à freehealth, il ne reconnaît plus les login et mot de passe.
J'ai donc voulu relancer mysql:

serveur@serveur-PC:~$ sudo service mysql restart
[sudo] Mot de passe de serveur : 
Job for mariadb.service failed because the control process exited with error code.
See "systemctl status mariadb.service" and "journalctl -xe" for details.

et j'ai constaté l'erreur suivante dans le fichier de log:

serveur@serveur-PC:~$ systemctl status mariadb.service
● mariadb.service - MariaDB 10.1.40 database server
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/mariadb.service; enabled; vendor preset: 
   Active: failed (Result: exit-code) since Thu 2019-07-04 11:45:54 WAT; 28s ago
     Docs: man:mysqld(8)
           https://mariadb.com/kb/en/library/systemd/
  Process: 1851 ExecStart=/usr/sbin/mysqld $MYSQLD_OPTS $_WSREP_NEW_CLUSTER $_WS
  Process: 1776 ExecStartPre=/bin/sh -c [ ! -e /usr/bin/galera_recovery ] && VAR
  Process: 1774 ExecStartPre=/bin/sh -c systemctl unset-environment _WSREP_START
  Process: 1773 ExecStartPre=/usr/bin/install -m 755 -o mysql -g root -d /var/ru
 Main PID: 1851 (code=exited, status=1/FAILURE)
   Status: "MariaDB server is down"

juil. 04 11:45:41 serveur-PC systemd[1]: Starting MariaDB 10.1.40 database serve
juil. 04 11:45:42 serveur-PC mysqld[1851]: 2019-07-04 11:45:42 139690559339648 [
juil. 04 11:45:54 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, c
juil. 04 11:45:54 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Failed with result 'ex
juil. 04 11:45:54 serveur-PC systemd[1]: Failed to start MariaDB 10.1.40 databas
lines 1-17/17 (END)...skipping...
● mariadb.service - MariaDB 10.1.40 database server
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/mariadb.service; enabled; vendor preset: enabled)
   Active: failed (Result: exit-code) since Thu 2019-07-04 11:45:54 WAT; 28s ago
     Docs: man:mysqld(8)
           https://mariadb.com/kb/en/library/systemd/
  Process: 1851 ExecStart=/usr/sbin/mysqld $MYSQLD_OPTS $_WSREP_NEW_CLUSTER $_WSREP_START_POSITION (code=exited, status=1/FAILURE)
  Process: 1776 ExecStartPre=/bin/sh -c [ ! -e /usr/bin/galera_recovery ] && VAR= ||   VAR=`/usr/bin/galera_recovery`; [ $? -eq 0 ]   && systemctl set
  Process: 1774 ExecStartPre=/bin/sh -c systemctl unset-environment _WSREP_START_POSITION (code=exited, status=0/SUCCESS)
  Process: 1773 ExecStartPre=/usr/bin/install -m 755 -o mysql -g root -d /var/run/mysqld (code=exited, status=0/SUCCESS)
 Main PID: 1851 (code=exited, status=1/FAILURE)
   Status: "MariaDB server is down"

juil. 04 11:45:41 serveur-PC systemd[1]: Starting MariaDB 10.1.40 database server...
juil. 04 11:45:42 serveur-PC mysqld[1851]: 2019-07-04 11:45:42 139690559339648 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 10.1.40-MariaDB-0ubuntu0.18.04.1) start
juil. 04 11:45:54 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
juil. 04 11:45:54 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Failed with result 'exit-code'.
juil. 04 11:45:54 serveur-PC systemd[1]: Failed to start MariaDB 10.1.40 database server.

J'ai chercher très peu sur le net, je m'en excuse si la réponse était facile, mais je suis pris par le temps et mes possibilité d'internet. Demain matin je n'aurais plus internet, puis je l'aurais surement dans deux jours. Comme ça si je ne répond pas vous comprendrez.
J'ai quand même trouvé ça:

/usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --basedir=/usr --datadir=/var/lib/mysql

Mais j'ai une peur bleu de perdre les bases de données des patients! D'ailleurs ça ne s'exécute pas sans sudo.
Merci d'avance pour l'aide.

krodelabestiole

L'Africain a écritJ'ai quand même trouvé ça:

/usr/bin/mysql_install_db --user=mysql --basedir=/usr --datadir=/var/lib/mysql

je te déconseille de taper cette commande. a priori ton problème n'a rien à voir avec celui de ton lien.

par contre je trouve pas d'info concernant l'origine de l'erreur dans ce que tu as collé. est-ce que

sudo journalctl -xe

est plus bavard ?

Tamarou

Juste au cas où ... (je ne connais pas mariadb)
https://www.archlinux.org/news/mariadb-104x-update-requires-manual-intervention/

L'Africain

krodelabestiole a écrita priori ton problème n'a rien à voir avec celui de ton lien.

Salut kro, en fait l'erreur est exactement la même que la mienne. Mais bon je connais presque en rien en mariadb.

Job for mariadb.service failed because the control process exited with error code.
See "systemctl status mariadb.service" and "journalctl -xe" for details.
serveur@serveur-PC:~$ journalctl -xe

juil. 05 19:57:30 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, c
juil. 05 19:57:30 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Failed with result 'ex
juil. 05 19:57:30 serveur-PC systemd[1]: Failed to start MariaDB 10.1.40 databas
-- Subject: L'unité (unit) mariadb.service a échoué
-- Defined-By: systemd
-- Support: http://www.ubuntu.com/support
-- 
-- L'unité (unit) mariadb.service a échoué, avec le résultat RESULT.
juil. 05 19:57:30 serveur-PC sudo[1842]: pam_unix(sudo:session): session closed 
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: exception Emask 0x0 SAct 0x1000fe0
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: irq_stat 0x40000008
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: failed command: READ FPDMA QUEUED
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: cmd 60/d0:c0:20:d1:74/00:00:00:00:
                                              res 41/40:00:84:d1:74/00:00:00:00:
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: status: { DRDY ERR }
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: error: { UNC }
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1.00: configured for UDMA/133
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: sd 0:0:0:0: [sda] tag#24 FAILED Result: hos
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: sd 0:0:0:0: [sda] tag#24 Sense Key : Medium
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: sd 0:0:0:0: [sda] tag#24 Add. Sense: Unreco
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: sd 0:0:0:0: [sda] tag#24 CDB: Read(10) 28 0
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: print_req_error: I/O error, dev sda, sector
juil. 05 19:57:50 serveur-PC kernel: ata1: EH complete

Merci Tamarou, même si ça m'aide pas directement.
Edit je viens de mettre le retour de la commande.

bruno

Dans ton retour les lignes sont coupées ce qui n'aide pas à leur lecture :/

On voit cependant qu'un disque a un problème.

Les liens ou les conseils concernant une version de mariadb (10.4) qui n'est pas dans les dépôts Ubuntu et qui tourne sur un système très différent d'Ubuntu (ArchLinux) ne sont d'aucune utilité.

L'Africain

@ bruno, ok merci pour les infos sur le pourquoi c'est pas utile les truc d'arch.
Pour le disque oui j'ai aussi vu ça au moment de copier... C'est aussi vrai que j'ai eu des problèmes de connexion de synaptic.
Donc en gros il faudrait que je répare le disque, et que j'espère avoir juste le temps de sauver mes bases...

L'Africain

Je viens de faire une big réparation avec fsck puis je viens de cloner la partition racine avec ddrescue. J'espère avoir un nouveau disque bientôt, je vous tiens au courant.

L'Africain

Bonjour à tous,
Voilà je viens de réussir après beaucoup de peine à sauver la racine et à remettre tout ça sur un nouveau disque. Tout fonctionne bien (semble-t-il) mais toujours pas moyen de lancer mysql, voici le retour du journal:

sudo journalctl -xe 
-- L'unité (unit) apache2.service a terminé de recharger configuration,
-- avec le résultat RESULT.
juil. 09 16:00:08 serveur-PC sudo[5408]:  serveur : TTY=pts/0 ; PWD=/home/serveur ; USER=root ; COMMAND=/usr/sbin/service mysql restart
juil. 09 16:00:08 serveur-PC sudo[5408]: pam_unix(sudo:session): session opened for user root by (uid=0)
juil. 09 16:00:08 serveur-PC systemd[1]: Starting MariaDB 10.1.40 database server...
-- Subject: L'unité (unit) mariadb.service a commencé à démarrer
-- Defined-By: systemd
-- Support: http://www.ubuntu.com/support
-- 
-- L'unité (unit) mariadb.service a commencé à démarrer.
juil. 09 16:00:09 serveur-PC mysqld[5492]: 2019-07-09 16:00:09 140502986370176 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 10.1.40-MariaDB-0ubuntu0.18.04.1) start
juil. 09 16:00:14 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
juil. 09 16:00:14 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Failed with result 'exit-code'.
juil. 09 16:00:14 serveur-PC systemd[1]: Failed to start MariaDB 10.1.40 database server.
-- Subject: L'unité (unit) mariadb.service a échoué
-- Defined-By: systemd
-- Support: http://www.ubuntu.com/support
-- 
-- L'unité (unit) mariadb.service a échoué, avec le résultat RESULT.
juil. 09 16:00:14 serveur-PC sudo[5408]: pam_unix(sudo:session): session closed for user root

J'ai aussi réinstallé (sans désinstaller) les paquets mariadb et mysql.

systemctl status mariadb.service
● mariadb.service - MariaDB 10.1.40 database server
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/mariadb.service; enabled; vendor preset: enabled)
   Active: failed (Result: exit-code) since Tue 2019-07-09 16:03:40 WAT; 9s ago
     Docs: man:mysqld(8)
           https://mariadb.com/kb/en/library/systemd/
  Process: 5902 ExecStart=/usr/sbin/mysqld $MYSQLD_OPTS $_WSREP_NEW_CLUSTER $_WSREP_START_POSITION (code=exited, status=1/FAILURE)
  Process: 5827 ExecStartPre=/bin/sh -c [ ! -e /usr/bin/galera_recovery ] && VAR= ||   VAR=`/usr/bin/galera_recovery`; [ $? -eq 0 ]   && systemctl set
  Process: 5825 ExecStartPre=/bin/sh -c systemctl unset-environment _WSREP_START_POSITION (code=exited, status=0/SUCCESS)
  Process: 5824 ExecStartPre=/usr/bin/install -m 755 -o mysql -g root -d /var/run/mysqld (code=exited, status=0/SUCCESS)
 Main PID: 5902 (code=exited, status=1/FAILURE)
   Status: "MariaDB server is down"

juil. 09 16:03:34 serveur-PC systemd[1]: Starting MariaDB 10.1.40 database server...
juil. 09 16:03:34 serveur-PC mysqld[5902]: 2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 10.1.40-MariaDB-0ubuntu0.18.04.1) start
juil. 09 16:03:40 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Main process exited, code=exited, status=1/FAILURE
juil. 09 16:03:40 serveur-PC systemd[1]: mariadb.service: Failed with result 'exit-code'.
juil. 09 16:03:40 serveur-PC systemd[1]: Failed to start MariaDB 10.1.40 database server.

Au cas où ça peut servir:

serveur@serveur-PC:~$ sudo ls -ld /var/lib/mysql/
[sudo] Mot de passe de serveur : 
drwxr-xr-x 15 mysql mysql 4096 juil.  9 16:03 /var/lib/mysql/

et:

serveur@serveur-PC:~$ sudo ls -lh /var/lib/mysql/
total 173M
-rw-rw---- 1 mysql mysql  56K juil.  9 16:03 aria_log.00000001
-rw-rw---- 1 mysql mysql   52 juil.  9 16:03 aria_log_control
-rw-r--r-- 1 root  root     0 juil.  9 15:59 debian-10.1.flag
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_agenda
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_alerts
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_category
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_dosages
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_episodes
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_patients
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_pmh
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_templates
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_users
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K mars  21  2018 fmf_xmlforms
-rw-rw---- 1 mysql mysql  76M juil.  9 16:03 ibdata1
-rw-rw---- 1 mysql mysql  48M mars  25 13:10 ib_logfile0
-rw-rw---- 1 mysql mysql  48M mars  21  2018 ib_logfile1
-rw-rw---- 1 mysql mysql    0 mars  21  2018 multi-master.info
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K juil.  9 15:59 mysql
-rw------- 1 mysql mysql   15 mars  21  2018 mysql_upgrade_info
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K sept.  6  2018 performance_schema
drwx------ 2 mysql mysql 4,0K juin   8  2018 phpmyadmin
-rw-rw---- 1 mysql mysql  24K mars  25 08:52 tc.log

Merci d'avance

krodelabestiole

c'est exactement le même message que dans ton premier post.

sudo journalctl -xe

dit toujours la même chose ?

L'Africain

Salut Kro,
J'ai même pas remarqué que c'était le même ! Le premier retour que j'ai donné c'est ce celui du journal, je viens de modifier l'entrée. Il n'y a plus l'erreur I/O maintenant je peux imaginer que des choses ont été abimé sur le disque d'origine et se répercutent sur le nouveau système? C'est pas un problème de droit?

L'Africain

Rebonjour,
Veuillez m'excuser d'insister, j'en suis désolé, j'ai un gros problème de temps... Et surtout pour l'instant je bloque complètement le service à l’hôpital, heureusement il n'y a pas eu de nouveau patient depuis. Quelqu'un pourrait-il m'aider?
Si je désinstalle complètement mariadb vais-je perdre mes bases?

krodelabestiole

je vois pas d'info au sujet de l'erreur rencontrée dans tes logs.

tes bases de données se trouvent dans /var/lib/mysql
elles ne sont pas supprimées quand tu désinstalles mariadb, donc tu peux réinstaller complètement mais je doute que ça résolve le problème.

si tu as un backup de tes bases et que tu veux réinitialiser complètement ton install (en virant les bases ou au moins en les déplaçant dans un autre répertoire), c'est là :
https://doc.ubuntu-fr.org/mysql#reinstallation_complete

L'Africain

Merci Kro,
Je n'ai pas de backup des bases hélas, je suis en rogne d'ailleurs avec le personnel pour ça. Bon là je crois qu'ils ont compris l'importance de la sauvegarde.
Je veux bien essayer alors la réinstallation de mariadb. Si j'ai bien compris la doc je fais d'abord un répertoire de backup, et alors après je le renomme? Mais si tu dis que tu doutes que ça résolve mon problème...
Au final je fais quoi?😐

krodelabestiole

est-ce que tu as quelque chose dans /var/log/mysql/error.log ?

pour réinstaller tu as 2 possibilités, soit réinstaller simplement mariadb via APT, soit suivre la doc et réinitialiser complètement ton install (en virant les bases, dans la doc on déplace simplement les bases et les configs dans des répertoires *.bak).

L'Africain

D'abord j'ai ça:

 mysql -u root
ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2 "No such file or directory")

Puis ce que tu m'as demandé dans le error.log:

Error in my_thread_global_end(): 1 threads didn't exit
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: innodb_empty_free_list_algorithm has been changed to legacy because of small buffer pool size. In order to use backoff, increase buffer pool at least up to 20MB.

2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Using mutexes to ref count buffer pool pages
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.11
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Using generic crc32 instructions
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Starting crash recovery from checkpoint LSN=14268258
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite buffer...
InnoDB: Set innodb_force_recovery to ignore this error.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [Note] Plugin 'FEEDBACK' is disabled.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Aborting

Error in my_thread_global_end(): 1 threads didn't exit

Si je suis la doc, ma question était de savoir si en restaurant les bases j'aurais à nouveau tout mes utilisateurs et les bases de patient en renomant simplement le fichier?
Chaque infirmier est un utilisateur, avec son mot de passe.
EDIT:
J'ai créé un fichier msqld.sock dans le repertoire en question, j'ai mis mysql comme propriétaire maintenant il me dit juste permission denied.

krodelabestiole

L'Africain a écritJ'ai créé un fichier msqld.sock dans le repertoire en question, j'ai mis mysql comme propriétaire maintenant il me dit juste permission denied.

je pige pas pourquoi tu as fait ça mais je pense pas que ce soit une bonne idée, vire ce fichier.

L'Africain a écritSi je suis la doc, ma question était de savoir si en restaurant les bases j'aurais à nouveau tout mes utilisateurs et les bases de patient en renomant simplement le fichier?

je pige la question. quel fichier ?
tous les utilisateurs et les bases des patients se trouvent dans tes bases de données, qui se trouvent elle même dans /var/lib/mysql mais ne sont pas exploitables en l'état (tu ne peux pas "restaurer" quoi que ce soit toi-même si tu n'as pas de backup mysql).

L'Africain a écrit

2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
2019-07-09 16:03:34 140238337477760 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB

pour l'instant c'est ce qu'on a de plus parlant comme message d'erreur, mais ça reste pas très bavard.
une recherche avec ça retourne pas mal de choses qui n'ont pas forcément l'air en rapport.

https://duntuk.com/mariadbmysql-how-fix-unknownunsupported-storage-engine-innodb
ce que j'essaierais :

sudo systemctl stop mysql
sudo mkdir /var/lib/mysql.bak
sudo mv /var/lib/mysql/ib_logfile* /var/lib/mysql.bak
sudo systemctl start mysql

là le lancement peut prendre beaucoup de temps.

L'Africain

Kro a écritje pige la question. quel fichier ?

Je voulais dire la base de fichier renommé en fait le dossier contenant les bases.
Je viens de faire tout ce que tu m'as dit. et quand j'ai relancé mysql j'ai pas eu d'erreur.
Par contre si je fais:

sudo mysql -u root

j'ai maintenant:

error 1045 access denied for user 'root'@'localhost' (using password: NO)

Et évidemment freehealth ne se connecte pas.
Mais je crois qu'on progresse non?

krodelabestiole

malheureusement je pense pas, non.

mais je sais pas trop où tu en es. tu as toujours tes bases de données sous /var/lib/mysql ?
ou tu as tout viré vers /var/lib/mysql.bak ?

L'Africain

Bonjour Kro,
Désolé pour la réponse tardive, plus d'internet!! Toute la matinée pour arranger ça... J'ai toujours mes bases, j'ai juste déplacé le ib_logfile comme demandé, j'ai pas touché au reste. Mais sur mes bases il y a une croix en haut à droite (celle qui dit qu'on a pas les droits) je suppose que c'est normal?

krodelabestiole

normalement tes bases appartiennent à mysql:mysql en 700 (rwx------) pour les répertoires (y compris /var/lib/mysql) et 660 (rw-rw----) pour les fichiers.
par défaut tu ne devrais même pas pouvoir y accéder avec un autre utilisateur que root ou mysql.
bon ceci dit je ne pense pas que tu aies un problème de permission.

par contre perso j'arrive pas à te dépanner là dessus. tu devrais sans doute essayer sur un forum plus spécialisé :
https://www.commentcamarche.net/forum/mysql-135
https://www.developpez.net/forums/f982/bases-donnees/mysql/administration/
https://www.grafikart.fr/forum/mysql-6

pour remettre tes fichiers comme ils étaient d'origine :

sudo systemctl stop mysql
sudo mv /var/lib/mysql.bak/ib_logfile* /var/lib/mysql

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