Dans ton virtualhost apache si tu l'utilise /etc/apache2/sites-available/mon_site1.conf
tu insères par exemple :
php_value upload_max_filesize 50M
php_value post_max_size 50M
php_value memory_limit 512M
Comme ça tu peux utiliser des valeurs différentes pour chacun de tes sites hébergé sur un même serveur apache