Perso je pense qu'avant de toucher à ton site en prod, installe toi une version locale d'apache + php et fais tourner le site en local. Puis familiarises-toi avec les outils, les permissions, les utilisateurs, parce que si tu sais pas ce que c'est SSH c'est que tu pars de vraiment loin. C'est quand même important de savoir quelle version de PHP/Apache est utilisée.
Normalement www-data ne devrait avoir les droits d'écriture que sur des dossiers genre "uploads" ou "logs" ou "cache", c'est-à-dire ceux où il doit écrire dedans.
pour un serveur web root:root est un très mauvais choix de permission de toute façon.
Je ne suis pas d'accord avec ça. C'est bien que les autres utilisateurs du système ne puissent pas écrire les fichiers web. Il ne faut pas que www-data puisse écrire partout !
Pour finir, je dirai qu'utiliser filezilla pour mettre à jour un site c'est ce qu'on faisait dans les années 00, désormais on a des containers docker, et c'est tellement mieux à plein de niveau.... (y'a des drawback aussi mais minimes).
