Bonjour,
Il faut lire attentivement la doc
apache2, notamment la section 5 sur les hôtes virtuels.
Dans la configuration de base fournie par Ubuntu, il n'y a qu'un seul hôte virtuel qui utilise le dossier /var/www/html. À toi de vérifier, ton(es) hôte(s) virtuel(s) et si la directive DocumentRoot correspond bien à l'emplacement de tes fichiers.