~ c'est un raccourci qui désigne ton dossier perso. Les fichiers/dossiers dont le nom commence par un point sont cachés. Affiche les fichiers cachés (généralement ctrl + H) et tu devrais voir .local dans ton dossier perso.
Pour ce qui est de la ligne de commande, en tapant un chemin, tu essaies de "lancer" un dossier, ce qui ne fera rien. 😉
Pour te déplacer dans un dossier, c'est la commande cd et pour effacer un fichier, c'est la commande rm. Donc, tu peux par exemple faire :
cd ~/.local/share/applications
rm transmission-gtk.desktop userapp-transmission-gtk-TSQ3E0.desktop
ou effacer les fichiers en indiquant le chemin complet sans t'y placer d'abord :
rm ~/.local/share/applications/transmission-gtk.desktop ~/.local/share/applications/userapp-transmission-gtk-TSQ3E0.desktop
Attention à bien respecter la syntaxe, surtout quand tu manipules des commandes qui effacent des données : une espace mal placée et tu peux vite te retrouver à effacer n'importe quoi.