mousepad utilise dconf pour stocker sa configuration.
On peut y accéder par gsettings :
gsettings list-recursively org.xfce.mousepad.preferences
te donnera la liste des préférences avec leurs valeurs actuelles.
Pour les changer :
gsettings set <préférence> <clef> <valeur>
par exemple
gsettings set org.xfce.mousepad.preferences.view show-whitespace true
Pour connaitre les valeurs possibles d'une préférence :
gsettings range <préférence> <clef>
Pour en avoir une description :
gsettings describe <préférence> <clef>
Voir man gsettings pour le reste.