J'ai trouvé plus simple que de tout recompiler :
1- c'est d'exporter mon thème latte MonTheme.layout.latte
2- de remplacer le theme par défaut qui se trouve là /usr/share/plasma/shells/org.kde.latte.shell/contents/presets/Default.layout.latte par le mien
3- Dans /usr/share/plasma/look-and-feel/Montheme/contents/defaults d'ajouter au début du fichier :
[Autostart]
Services=org.kde.latte-dock
Et là au changement de thème, il lance ou ne lance pas le latte-dock avec mon thème par défaut.