Quand tu dis que ça ne fonctionnait pas avec amule, c'est quand tu as installé le paquet ? et si oui, lesquels posaient problème en dépendance (liste) ? ceux que tu as installés (puis désinstallés), c'est via des debs ou depuis les dépôts ?
Il faut faire très attention quand on installe des paquets prévus pour une version d'Ubuntu différente, et notamment vérifier si les dépendances sont disponibles sur celle qu'on a, en quelle version, quelle version (des dépendances) est nécessaire, si elles rentrent en conflit avec d'autres, etc.
Accessoirement, pour installer des paquets deb, tu passes bien par la Logithèque (ou éventuellement Synaptic) ?
Pour ce qui est des mises à jour, normalement elles se feront mais ce n'est pas toujours le cas en fonction de la façon dont elles ont été installées.
Là, dans le doute, on va quand même vérifier si tu te retrouves avec des paquets orphelins :
apt list | grep "installé, local"
