Ce site est optimisé pour être consulté depuis un navigateur moderne dans lequel JavaScript est activé.

Problème compilation C, "reference indéfinie vers.."

newgate

Bonjour tout le monde,
J'essaye de compiler un software qui est disponible sur github (https://github.com/fabienbaron/bsmem) avec cmake.
Au début, j'ai essayé de le compiler sur MacOs Catalina et j'obtiens toujours le même message d'erreur.
Je vous mets le message d'erreur que j'obtiens sur Ubuntu:

[ 16%] Building Fortran object src/CMakeFiles/bsmem.dir/bsmemf.f.o
[ 33%] Building Fortran object src/CMakeFiles/bsmem.dir/vector.f.o
[ 50%] Building C object src/CMakeFiles/bsmem.dir/bsmem.c.o
[ 66%] Building C object src/CMakeFiles/bsmem.dir/free_fits.c.o
[ 83%] Building C object src/CMakeFiles/bsmem.dir/read_fits.c.o
[100%] Linking C executable ../../bin/bsmem
CMakeFiles/bsmem.dir/bsmem.c.o : Dans la fonction « bsmem » :
/home/newgate/Documents/bsmem-master/src/bsmem.c:253 : référence indéfinie vers « meinit_ »
/home/newgate/Documents/bsmem-master/src/bsmem.c:295 : référence indéfinie vers « memset_ »
/home/newgate/Documents/bsmem-master/src/bsmem.c:320 : référence indéfinie vers « mem4_ »
/home/newgate/Documents/bsmem-master/src/bsmem.c:531 : référence indéfinie vers « mem4_ »
/home/newgate/Documents/bsmem-master/src/bsmem.c:461 : référence indéfinie vers « movie4_ »
/home/newgate/Documents/bsmem-master/src/bsmem.c:412 : référence indéfinie vers « movie4_ »
CMakeFiles/bsmem.dir/bsmemf.f.o : Dans la fonction « udiag_ » :
bsmemf.f:(.text+0x71e) : référence indéfinie vers « meswap_ »
bsmemf.f:(.text+0xbcf) : référence indéfinie vers « meswap_ »
CMakeFiles/bsmem.dir/bsmemf.f.o : Dans la fonction « icf_ » :
bsmemf.f:(.text+0xd6b) : référence indéfinie vers « mecopy_ »
CMakeFiles/bsmem.dir/bsmemf.f.o : Dans la fonction « tricf_ » :
bsmemf.f:(.text+0xd99) : référence indéfinie vers « mecopy_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgask.o) : Dans la fonction « cpgask » :
cpgask.c:(.text+0x2b) : référence indéfinie vers « pgask_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgband.o) : Dans la fonction « cpgband » :
cpgband.c:(.text+0x3c) : référence indéfinie vers « pgband_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgbox.o) : Dans la fonction « cpgbox » :
cpgbox.c:(.text+0x69) : référence indéfinie vers « pgbox_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgcirc.o) : Dans la fonction « cpgcirc » :
cpgcirc.c:(.text+0x2b) : référence indéfinie vers « pgcirc_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgclos.o) : Dans la fonction « cpgclos » :
cpgclos.c:(.text+0xa) : référence indéfinie vers « pgclos_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgcont.o) : Dans la fonction « cpgcont » :
cpgcont.c:(.text+0x4d) : référence indéfinie vers « pgcont_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgcurs.o) : Dans la fonction « cpgcurs » :
cpgcurs.c:(.text+0xf) : référence indéfinie vers « pgcurs_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgenv.o) : Dans la fonction « cpgenv » :
cpgenv.c:(.text+0x48) : référence indéfinie vers « pgenv_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgerry.o) : Dans la fonction « cpgerry » :
cpgerry.c:(.text+0x1e) : référence indéfinie vers « pgerry_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpggray.o) : Dans la fonction « cpggray » :
cpggray.c:(.text+0x5b) : référence indéfinie vers « pggray_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpglab.o) : Dans la fonction « cpglab » :
cpglab.c:(.text+0x4f) : référence indéfinie vers « pglab_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgopen.o) : Dans la fonction « cpgopen » :
cpgopen.c:(.text+0x23) : référence indéfinie vers « pgopen_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgpt1.o) : Dans la fonction « cpgpt1 » :
cpgpt1.c:(.text+0x29) : référence indéfinie vers « pgpt1_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgptxt.o) : Dans la fonction « cpgptxt » :
cpgptxt.c:(.text+0x4e) : référence indéfinie vers « pgptxt_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgrect.o) : Dans la fonction « cpgrect » :
cpgrect.c:(.text+0x33) : référence indéfinie vers « pgrect_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgsch.o) : Dans la fonction « cpgsch » :
cpgsch.c:(.text+0x15) : référence indéfinie vers « pgsch_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgsci.o) : Dans la fonction « cpgsci » :
cpgsci.c:(.text+0x13) : référence indéfinie vers « pgsci_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgsfs.o) : Dans la fonction « cpgsfs » :
cpgsfs.c:(.text+0x13) : référence indéfinie vers « pgsfs_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgslct.o) : Dans la fonction « cpgslct » :
cpgslct.c:(.text+0x13) : référence indéfinie vers « pgslct_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgstbg.o) : Dans la fonction « cpgstbg » :
cpgstbg.c:(.text+0x13) : référence indéfinie vers « pgstbg_ »
/usr/local/lib/libcpgplot.a(cpgtext.o) : Dans la fonction « cpgtext » :
cpgtext.c:(.text+0x39) : référence indéfinie vers « pgtext_ »
collect2: error: ld returned 1 exit status
src/CMakeFiles/bsmem.dir/build.make:207: recipe for target '../bin/bsmem' failed
make[2]: *** [../bin/bsmem] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:85: recipe for target 'src/CMakeFiles/bsmem.dir/all' failed
make[1]: *** [src/CMakeFiles/bsmem.dir/all] Error 2
Makefile:129: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2

Je vous remercie de votre aide.

newgate

Personne pour aider? 🙁

Nuliel

Patience!

Que donne

sudo apt-get install gcc gfortran cmake libfftw3-dev libnfft3-dev pgplot5 libcfitsio3 libcfitsio3-dev

NicoApi73

Bonsoir,

@Nuliel : regarde le contenu de README.md Ce github n'est plus maintenu. Les 2 qui sont cités le sont... J'ai compilé sans difficulté squeeze

Nuliel

Effectivement, j'avais pas lu le paragraphe avant, vaut mieux partir sur l'une des deux alternatives

newgate

Nuliel a écritPatience!

Que donne

sudo apt-get install gcc gfortran cmake libfftw3-dev libnfft3-dev pgplot5 libcfitsio3 libcfitsio3-dev

J'ai installé tous les packages nécessaires pour compiler le code. Quand je fais un cmake, il les trouve tous!
J'ai installé Squeez et Mira sans soucis. Mais j'ai besoin de BSMEM.

Merci de votre réponse.

NicoApi73

Les erreurs viennent du fait que des fonctions sont déclarées en extern et elles ne sont pas trouvées lors du linkage:
Voici les fonctions déclarées dans bsmem.c :

extern void __stdcall UAREA( int* , int* , int* , int* , int* , int* );
extern void __stdcall MEINIT( );
extern void __stdcall MEMSET( int* , int* , int* , float* , float* , float* , float* , float* );
extern void __stdcall MEMGET( int* , int* , int* , float* , float* , float* , float* , float* );
extern void __stdcall USETM( float* , int* , float* , int* );
extern void __stdcall UGETM( float* , int* , float* , int* );
extern void __stdcall MEMEX( float* , int* , int* );
extern void __stdcall MEMTRQ( float* , int* , float* );
extern void __stdcall MEREST( );
extern void __stdcall MESAVE( );
extern void __stdcall MEM4( float* , int* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* ,
    float* , float* , int* , int* );
extern void __stdcall MOVIE4( float* , int* , int* , int* );
extern void __stdcall MASK4( float* , float* , float* , float* , int* , int* );
void __stdcall VTROP( float *dh , float *dd );
void __stdcall VOPUS( float *dh , float *dd );
void __stdcall VMEMEX( float *hidden , float *data );

et bsmem.h :

#ifndef MSVS 
        #define FTEST ftest_
        #define UVCHK uvchk_
        #define OPSET opset_
        #define OP1 op1_
        #define TROP1 trop1_
	#define UAREA uarea_
	#define MEINIT meinit_
	#define MEMSET memset_
	#define MEMGET memget_
	#define USETM usetm_
	#define UGETM ugetm_
	#define MEREST merest_
	#define MESAVE mesave_
	#define MEMTRQ memtrq_
	#define MEM4 mem4_
	#define MOVIE4 movie4_
        #define MASK4 mask4_
        #define MEMEX memex_
        #define VMEMEX vmemex_
	#define VOPUS vopus_
	#define VTROP vtrop_
	#define USAVE usave_
	#define UREST urest_
	#ifdef __stdcall
		#undef __stdcall
	#endif
	#define __stdcall 
#endif

MSVS = Microsoft Visual Studio

Je ne sais pas dans quelle bibliothèque on peut les trouver, peut être du 32 bits.

newgate

NicoApi73 a écritLes erreurs viennent du fait que des fonctions sont déclarées en extern et elles ne sont pas trouvées lors du linkage:
Voici les fonctions déclarées dans bsmem.c :

extern void __stdcall UAREA( int* , int* , int* , int* , int* , int* );
extern void __stdcall MEINIT( );
extern void __stdcall MEMSET( int* , int* , int* , float* , float* , float* , float* , float* );
extern void __stdcall MEMGET( int* , int* , int* , float* , float* , float* , float* , float* );
extern void __stdcall USETM( float* , int* , float* , int* );
extern void __stdcall UGETM( float* , int* , float* , int* );
extern void __stdcall MEMEX( float* , int* , int* );
extern void __stdcall MEMTRQ( float* , int* , float* );
extern void __stdcall MEREST( );
extern void __stdcall MESAVE( );
extern void __stdcall MEM4( float* , int* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* , float* ,
    float* , float* , int* , int* );
extern void __stdcall MOVIE4( float* , int* , int* , int* );
extern void __stdcall MASK4( float* , float* , float* , float* , int* , int* );
void __stdcall VTROP( float *dh , float *dd );
void __stdcall VOPUS( float *dh , float *dd );
void __stdcall VMEMEX( float *hidden , float *data );

et bsmem.h :

#ifndef MSVS 
        #define FTEST ftest_
        #define UVCHK uvchk_
        #define OPSET opset_
        #define OP1 op1_
        #define TROP1 trop1_
	#define UAREA uarea_
	#define MEINIT meinit_
	#define MEMSET memset_
	#define MEMGET memget_
	#define USETM usetm_
	#define UGETM ugetm_
	#define MEREST merest_
	#define MESAVE mesave_
	#define MEMTRQ memtrq_
	#define MEM4 mem4_
	#define MOVIE4 movie4_
        #define MASK4 mask4_
        #define MEMEX memex_
        #define VMEMEX vmemex_
	#define VOPUS vopus_
	#define VTROP vtrop_
	#define USAVE usave_
	#define UREST urest_
	#ifdef __stdcall
		#undef __stdcall
	#endif
	#define __stdcall 
#endif

MSVS = Microsoft Visual Studio

Je ne sais pas dans quelle bibliothèque on peut les trouver, peut être du 32 bits.

Du coup, il n'y a pas moyen de résoudre ce problème de linkage?
Sur le Mac j'obtiens effectivement un problème lié à l'architecture. Voilà ce que j'obtiens sous MacOs :

2 warnings generated.
 [ 33%] Building Fortran object src/CMakeFiles/bsmem.dir/bsmemf.f.o 
 [ 50%] Building C object src/CMakeFiles/bsmem.dir/free_fits.c.o 
[ 66%] Building C object src/CMakeFiles/bsmem.dir/read_fits.c.o 
[ 83%] Building Fortran object src/CMakeFiles/bsmem.dir/vector.f.o 
[100%] Linking C executable ../../bin/bsmem Undefined symbols for architecture x86_64:
   "_mecopy_", referenced from:
          _icf_ in bsmemf.f.o
          _tricf_ in bsmemf.f.o   "_meinit_", referenced from:
          _bsmem in bsmem.c.o   "_mem4_", referenced from:
          _bsmem in bsmem.c.o   "_memset_", referenced from:
          _bsmem in bsmem.c.o   "_meswap_", referenced from:
          _udiag_ in bsmemf.f.o   "_movie4_", referenced from:
          _bsmem in bsmem.c.o
 ld: symbol(s) not found for architecture x86_64 
collect2: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
 make[2]: *** [../bin/bsmem] Error 1 make[1]: *** [src/CMakeFiles/bsmem.dir/all] 
Error 2 make: *** [all] Error 2

NicoApi73

Il y a (au moins) 2 manières de résoudre le problème.

1) Lier avec la bonne bibliothèque (et pour l'instant, je ne sais pas où la trouver)

2) Modifier le code (encore faut il savoir ce que font les fonctions en question)

Un autre intervenant saura peut être te trouver la bonne bibliothèque, pour l'instant je n'ai pas réussi. Quant à modifier le code, il faut rentrer dedans et ça peut être très compliqué en fonction de comment il est architecturé. Bref, la manière 1 me semble la plus simple à mettre en oeuvre.

newgate

NicoApi73 a écritIl y a (au moins) 2 manières de résoudre le problème.

1) Lier avec la bonne bibliothèque (et pour l'instant, je ne sais pas où la trouver)

2) Modifier le code (encore faut il savoir ce que font les fonctions en question)

Un autre intervenant saura peut être te trouver la bonne bibliothèque, pour l'instant je n'ai pas réussi. Quant à modifier le code, il faut rentrer dedans et ça peut être très compliqué en fonction de comment il est architecturé. Bref, la manière 1 me semble la plus simple à mettre en oeuvre.

Merci d'avoir pris le temps d'y jeter un coup d’œil.
En effet, vu que je ne sais pas ce que fait le code il est raisonnable de chercher la bonne bibliothèque pour le linkage.

En espérant que quelqu'un trouve la bibliothèque.

Merci encore.

lann

Y a plus qu'à appeler le service après vente 🙂

fabienbaron / bsmem a écritPlease contact me at fbaron@gsu.edu to get the password for the MEMSYS library required to run BSMEM.

newgate

lann a écritY a plus qu'à appeler le service après vente 🙂
fabienbaron / bsmem a écritPlease contact me at fbaron@gsu.edu to get the password for the MEMSYS library required to run BSMEM.

Déjà fait, mais il ne réagit pas. Vu qu'il est très occupé.