Voici la commande que j'ai entrée :
sudo apt install youtube-dl
Du coup en suivant le lien que tu m'as donné, je n'ai pas de fichier /etc/apt/apt.conf. J'ai regardé dans un peu tous les autres fichiers, et je ne vois rien qui me mette la puce à l'oreille, bien que je n'y connais pas grand chose.
Peut-être que les développeurs ont décidé d'en faire une dépendance, mais si c'est le cas, pourquoi ne pas avoir mis à jour sur le site, et surtout pourquoi le mettre en dépendance, c'est deux logiciels bien distincts.