Concernant le pourquoi de la présence de dépôts en double, aucune idée, je ne sais pas ce que tu as fait exactement pour en arriver là.
Commence par éditer ton sources.list :
sudo nano /etc/apt/sources.list
et remplace tout son contenu par ça :
# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
# newer versions of the distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal main restricted
## Major bug fix updates produced after the final release of the
## distribution.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates main restricted
## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
## review or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal universe
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates universe
## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to
## your rights to use the software. Also, please note that software in
## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
## security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal multiverse
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-updates multiverse
## N.B. software from this repository may not have been tested as
## extensively as that contained in the main release, although it includes
## newer versions of some applications which may provide useful features.
## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
## or updates from the Ubuntu security team.
deb http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
# deb-src http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu/ focal-backports main restricted universe multiverse
## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
## 'partner' repository.
## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
## respective vendors as a service to Ubuntu users.
deb http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu focal partner
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security multiverse
Pour enregistrer avec Nano : ctrl + O, valide le nom de fichier, puis ctrl + X pour le fermer.
Autre chose concernant Nano : pour copier/coller dedans, il faut utiliser shift + ctrl + C/shift + ctrl + V au lieu de juste ctrl +C/ctrl +V.
Ensuite, on va faire un peu de nettoyage :
cd /etc/apt/sources.list.d
sudo rm *.save *.distUpgrade skype-stable.list
Pour la suite, je vais te donner alternativement les commandes pour éditer les fichiers et leur contenu, je ne précise pas à chaque fois de les enregistrer mais c'est pareil (ctrl + O, valide, ctrl + X). La plupart, c'est juste du nettoyage mais il y a aussi quelques modifs :
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/gambas-team-ubuntu-gambas3-bionic.list
deb http://ppa.launchpad.net/gambas-team/gambas3/ubuntu focal main
# deb-src http://ppa.launchpad.net/gambas-team/gambas3/ubuntu focal main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/jami.list
deb [signed-by=/usr/share/keyrings/jami-archive-keyring.gpg] https://dl.jami.net/nightly/ubuntu_20.04/ ring main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/obsproject-ubuntu-obs-studio-bionic.list
deb http://ppa.launchpad.net/obsproject/obs-studio/ubuntu focal main
# deb-src http://ppa.launchpad.net/obsproject/obs-studio/ubuntu focal main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/openjdk-r-ubuntu-ppa-bionic.list
deb http://ppa.launchpad.net/openjdk-r/ppa/ubuntu focal main
# deb-src http://ppa.launchpad.net/openjdk-r/ppa/ubuntu focal main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/otto-kesselgulasch-ubuntu-gimp-bionic.list
deb http://ppa.launchpad.net/otto-kesselgulasch/gimp/ubuntu focal main
# deb-src http://ppa.launchpad.net/otto-kesselgulasch/gimp/ubuntu focal main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/skypeforlinux.list
deb [arch=amd64] https://repo.skype.com/deb stable main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/syncthing.list
deb https://apt.syncthing.net/ syncthing stable
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/virtualbox.list
deb [arch=amd64] https://download.virtualbox.org/virtualbox/debian focal contrib
# deb-src [arch=amd64] https://download.virtualbox.org/virtualbox/debian focal contrib
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/xia.list
deb http://repository.crdp.ac-versailles.fr/debian xia main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/yannubuntu-ubuntu-boot-repair-bionic.list
deb http://ppa.launchpad.net/yannubuntu/boot-repair/ubuntu focal main
# deb-src http://ppa.launchpad.net/yannubuntu/boot-repair/ubuntu focal main
sudo nano /etc/apt/sources.list.d/scratux.list
deb https://dl.bintray.com/scratux/stable focal main
Quelques remarques en vrac :
- Le nom des fichiers .list n'a aucune importance, APT les prend en compte en vrac à partir du moment où ils ont l'extension .list. De fait, même si tu as toujours des fichiers avec "bionic" dans le nom, ils sont bien à jour en focal. Tu peux les renommer si tu veux t'y retrouver plus facilement mais c'est optionnel.
- Il y a deux dépôts qui n'avaient plus qu'un .save, c'est a priori qu'ils 'avaient été supprimés avant (dropbox et tvinternal) : c'est bien le cas ?
- Je t'ai fait supprimer un fichier .list pour Skype (skype-stable.list) parce qu'il fait doublon avec skypeforlinux.list ; on garde juste ce dernier.
- Dans le sources.list principal, j'ai laissé juste les dépôts de base ; le dépôt pour Virtualbox qui était dedans est déjà dans un .list à part et je t'ai fait créer un .list pour Scratux (dernière commande) au lieu de le laisser là.
- Le dépôt d'Otto Kesselgulasch pour GIMP ne sert pas à grand chose : sa version de GIMP est dépassée et son seul avantage est d'avoir G'MIC à jour mais on peut aussi l'installer à part. Je suggérerais de supprimer ce dépôt. Accessoirement, il y a pas mal de plugins manquants en 20.04 pour GIMP, j'avais fait un post pour les réinstaller qui se trouve je ne sais plus où. Si tu as besoin de plugins divers pour GIMP, on ira le retrouver.
- En règle générale, moins on utilise de dépôts tiers, mieux c'est parce que ça multiplie les risques de conflits (pas dans ton cas, ceux que tu utilises sont propres) et c'est assez chiant à maintenir quand on fait une mise à niveau. Pour les softs pour lesquels c'est possible − et si tu as vraiment besoin de les avoir à jour − je te suggère de les installer plutôt en snap ou flatpak quand c'est possible. Dans ton cas, ce serait pour OBS Studio et Skype, éventuellement GIMP aussi.
Je ne vois pas le dépôt LibreOffice qui posait problème. Idem pour "Cubuntu". Je suppose que tu les as supprimés manuellement ? Attention à la façon dont on le fait : c'est fortement conseillé de supprimer les PPA avec ppa-purge, ça permet de remettre les paquets qu'ils contiennent à la version des dépôts. Si tu supprimes juste le PPA en vrac, tu vas te retrouver avec des paquets orphelins et APT potentiellement cassé. On va jeter un coup d'œil à ça aussi après.
Une fois que tu as fait toutes ces modifs, redonne-moi le retour de
sudo apt-get update pour voir ce que ça donne.