Bonjour,

Depuis quelque temps j'ai un gros souci avec le logiciel de panorama Hugin. Lorsque j'ai fini d'assembler mes photos je lance l'assemblage, et là rien. Les deux fenêtres de demande de sauvegarde s'ouvrent, puis il ne ne se passe plus rien. Enfin pas vraiment, je n'ai pas chronométré mais après plusieurs longues minutes, l'ordinateur se met à mouliner comme jamais. Tous les processeurs sont à 100%. Il devient quasiment impossible de faire quoi que se soit avec la machine. Je suis obligé de forcer l'arrêt de la manière la plus brutale.

J'ai donc désinstallé hugin à plusieurs reprises sans résultat. Pour être sûr de tout supprimer, j'ai utilisé la comment apt autoremove hugin, et là à ma grande surprise, quand je lance la commende, apt me demande si je veux supprimer nextcloud !!!

- Quel rapport y a-t-il entre les deux logiciels ?
- Y aurait-il un conflit entre les deux ?

Par ailleurs nextcloud m'a lui aussi fait quelques caprices mais cela semble être revenu à la normal et il fonctionne correctement.

Merci d'avance pour l'aide.
Donne le retour de : 
sudo apt-get autoremove -s --purge hugin
apt list | grep "installé, local"
La première commande est une simulation (elle ne va rien supprimer réellement), c'est pour voir ce que la suppression de hugin entraîne exactement. La deuxième commande, c'est la liste des paquets orphelins (sans dépôts) : c'est possible qu'il y ait des dépendances "incohérentes" qui posent problème et que la suppression de hugin entraîne une cascade de suppressions qui n'a normalement pas lieu d'être.

D'autre part, la suppression avec purge d'un paquet va supprimer les fichiers de config système qui y sont liés mais APT ne touchera jamais à tes fichiers de config perso. Donc, si c'est un problème de config, il faudrait aussi supprimer les fichiers perso correspondants.
Voici la réponse à la première commande 
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Le paquet « hugin » n'est pas installé, et ne peut donc être supprimé
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
  enblend* enfuse* libflann1.9* libimage-exiftool-perl* libllvm9*
  libllvm9:i386* libmime-charset-perl* libpano13-3* libpano13-bin*
  libposix-strptime-perl* libsombok3* libunicode-linebreak-perl*
  libvigraimpex6* nextcloud-client* nextcloud-client-l10n*
  nextcloud-client-nautilus*
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 16 à enlever et 60 non mis à jour.
Purg enblend [4.2-3]
Purg enfuse [4.2-3]
Purg libflann1.9 [1.9.1+dfsg-2]
Purg libimage-exiftool-perl [10.80-1]
Purg libllvm9 [1:9-2~ubuntu18.04.2]
Purg libllvm9:i386 [1:9-2~ubuntu18.04.2]
Purg libunicode-linebreak-perl [0.0.20160702-1build2]
Purg libmime-charset-perl [1.012.2-1]
Purg libpano13-bin [2.9.19+dfsg-3]
Purg libpano13-3 [2.9.19+dfsg-3]
Purg libposix-strptime-perl [0.13-1build3]
Purg libsombok3 [2.4.0-1]
Purg libvigraimpex6 [1.10.0+git20160211.167be93+dfsg-5ubuntu1]
Purg nextcloud-client [2.6.5-20200713.144448.adada8b2e-1.0~bionic1]
Purg nextcloud-client-l10n [2.6.5-20200713.144448.adada8b2e-1.0~bionic1]
Purg nextcloud-client-nautilus [2.6.5-20200713.144448.adada8b2e-1.0~bionic1]
patrice@ordi_principal:~$ ^C
patrice@ordi_principal:~$
seconde, le retour est un peu long
WARNING: apt does not have a stable CLI interface. Use with caution in scripts.

aptik/now 18.8-0~201808040411~ubuntu16.04.1 amd64  [installé, local]
aptik-gtk/now 18.8.2-0~201907211302~ubuntu16.04.1 amd64  [installé, local]
audacious/now 3.10-1~webupd8~xenial0 amd64  [installé, local]
audacious-plugins/now 3.10-1~webupd8~xenial0 amd64  [installé, local]
audacious-plugins-data/now 3.10-1~webupd8~xenial0 all  [installé, local]
fonts-adf-baskervald/now 0.20110505-3 all  [installé, local]
fonts-adf-libris/now 0.20110505-3 all  [installé, local]
gambas3/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-dev/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-args/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-cairo/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-chart/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-clipper/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-complex/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-compress/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-compress-bzlib2/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-compress-zlib/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-crypt/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-data/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-db/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-db-form/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-db-mysql/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-db-odbc/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-db-postgresql/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-db-sqlite3/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-dbus/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-dbus-trayicon/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-desktop/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-desktop-gnome-keyring/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-desktop-x11/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-eval-highlight/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form-dialog/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form-editor/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form-mdi/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form-print/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form-stock/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-form-terminal/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-gmp/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-gsl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-gtk/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-gtk-opengl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-gtk3/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-httpd/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-image/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-image-effect/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-image-imlib/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-image-io/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-inotify/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-libxml/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-logging/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-map/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-markdown/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-media/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-media-form/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-memcached/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-mime/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-mysql/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-ncurses/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-net/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-net-curl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-net-pop3/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-net-smtp/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-openal/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-opengl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-opengl-glsl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-opengl-glu/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-opengl-sge/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-openssl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-option/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-pcre/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-pdf/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-qt4/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-qt4-ext/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-qt4-opengl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-qt4-webkit/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-report/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-report2/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-scanner/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-sdl/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-sdl-sound/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-sdl2/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-sdl2-audio/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-settings/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-signal/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-term/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-term-form/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-util/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-util-web/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-v4l/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-vb/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-web/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-web-feed/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-web-form/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-xml/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-xml-html/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-gb-xml-rpc/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-gb-xml-xslt/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
gambas3-ide/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 all  [installé, local]
gambas3-runtime/now 3.14.3+git6015.2a35dde+build5.f4d819d.13.3ac8a0c~ubuntu18.04.1 amd64  [installé, local]
grisbi/now 1.2.0-2 amd64  [installé, local]
grisbi-common/now 1.2.0-2 all  [installé, local]
iscan-plugin-gt-9400/now 1.0.0-2 i386  [installé, local]
libampache-browser/now 0~git20160805-1~webupd8~xenial3 amd64  [installé, local]
libaudcore5/now 3.10-1~webupd8~xenial0 amd64  [installé, local]
libaudgui5/now 3.10-1~webupd8~xenial0 amd64  [installé, local]
libaudtag3/now 3.10-1~webupd8~xenial0 amd64  [installé, local]
libavcodec-ffmpeg-extra56/now 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
libavformat-ffmpeg56/now 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
libavutil-ffmpeg54/now 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
libbctoolbox0/now 0.0.3+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
libbluray1/now 1:0.9.2-2 amd64  [installé, local]
libboost-date-time1.58.0/now 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 amd64  [installé, local]
libboost-filesystem1.58.0/now 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 amd64  [installé, local]
libboost-iostreams1.58.0/now 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 amd64  [installé, local]
libboost-system1.58.0/now 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 amd64  [installé, local]
libcdio-cdda1/now 0.83-4.2ubuntu1 amd64  [installé, local]
libcdio13/now 0.83-4.2ubuntu1 amd64  [installé, local]
libglew1.13/now 1.13.0-2 amd64  [installé, local]
libhunspell-1.3-0/now 1.3.3-4ubuntu1 amd64  [installé, local]
libicu55/now 55.1-7ubuntu0.5 amd64  [installé, local]
liblinphone8/now 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
libmbedcrypto0/now 2.2.1-2ubuntu0.3 amd64  [installé, local]
libmediastreamer-base7/now 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
libmediastreamer-voip7/now 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
libofx6/now 1:0.9.10-1+deb8u1build0.16.04.1 amd64  [installé, local]
libopenjpeg5/now 1:1.5.2-3.1 amd64  [installé, local]
libortp11/now 1:0.25.0+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
libpng12-0/now 1.2.54-1ubuntu1.1 amd64  [installé, local]
libpng12-dev/now 1.2.54-1ubuntu1.1 amd64  [installé, local]
libpoppler58/now 0.41.0-0ubuntu1.14 amd64  [installé, local]
libraw15/now 0.17.1-1ubuntu0.5 amd64  [installé, local]
libschroedinger-1.0-0/now 1.0.11-2.1build1 amd64  [installé, local]
libswresample-ffmpeg1/now 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
libswscale-ffmpeg3/now 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
libtidy-0.99-0/now 20091223cvs-1.5 amd64  [installé, local]
libva1/now 1.7.0-1ubuntu0.1 amd64  [installé, local]
libvpx3/now 1.5.0-2ubuntu1.1 amd64  [installé, local]
libwebp5/now 0.4.4-1 amd64  [installé, local]
libx264-148/now 2:0.148.2643+git5c65704-1 amd64  [installé, local]
libx265-79/now 1.9-3 amd64  [installé, local]
linphone-nogtk/now 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
linphone-plugin-amr/now 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
linphone-plugin-silk/now 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
linphone-plugin-x264/now 1.5.2+git20160511-1~ppa1~xenial amd64  [installé, local]
linphone3-common/now 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial all  [installé, local]
net.downloadhelper.coapp/now 1.3.0 amd64  [installé, local]
nvidia-375/now 384.130-0ubuntu0.16.04.2 amd64  [installé, local]
postgresql-9.5/now 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
postgresql-client-9.5/now 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
postgresql-contrib-9.5/now 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1 amd64  [installé, local]
tails-installer/now 5.0.6+dfsg-0ubuntu1~xenial amd64  [installé, local]
wine-stable/now 3.0.4~xenial amd64  [installé, local]
wine-stable-amd64/now 3.0.4~xenial amd64  [installé, local]
wine-stable-i386/now 3.0.4~xenial i386  [installé, local]
winehq-stable/now 3.0.4~xenial amd64  [installé, local]
Lorsque j'ai supprimé hugin, j'ai aussi supprimé les fichiers de configs persos
Il y a beaucoup de paquets orphelins. Soit ils viennent de dépôts tiers (mal) supprimés, soit de dépôts qui ont été désactivés et que tu as oublié de remettre en place, par exemple après une mise à niveau. On va regarder ça en détail : 
cat /etc/apt/sources.list
ls /etc/apt/sources.list.d
cat /etc/apt/sources.list.d/*.list
EDIT : si tu as déjà supprimé hugin, je ne comprends pas bien d'où viennent ces paquets à enlever. À moins que ce soient les paquets obsolètes (mais APT l'afficherait normalement différemment) parce que le packaging de Nextcloud a changé.

EDIT : précise aussi sur quelle version (numéro) d'Ubuntu tu es.
Pour la première demande : 
# See http://help.ubuntu.com/community/UpgradeNotes for how to upgrade to
# newer versions of the distribution.
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic main restricted

## Major bug fix updates produced after the final release of the
## distribution.
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-updates main restricted

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu
## team. Also, please note that software in universe WILL NOT receive any
## review or updates from the Ubuntu security team.
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic universe
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-updates universe

## N.B. software from this repository is ENTIRELY UNSUPPORTED by the Ubuntu 
## team, and may not be under a free licence. Please satisfy yourself as to 
## your rights to use the software. Also, please note that software in 
## multiverse WILL NOT receive any review or updates from the Ubuntu
## security team.
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic multiverse
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-updates multiverse

## N.B. software from this repository may not have been tested as
## extensively as that contained in the main release, although it includes
## newer versions of some applications which may provide useful features.
## Also, please note that software in backports WILL NOT receive any review
## or updates from the Ubuntu security team.
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse

## Uncomment the following two lines to add software from Canonical's
## 'partner' repository.
## This software is not part of Ubuntu, but is offered by Canonical and the
## respective vendors as a service to Ubuntu users.
deb http://archive.canonical.com/ubuntu bionic partner
# deb-src http://archive.canonical.com/ubuntu xenial partner

deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-security main restricted
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-security universe
deb http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu/ bionic-security multiverse
seconde : 
atareao-ubuntu-atareao-xenial.list
atareao-ubuntu-atareao-xenial.list.distUpgrade
atareao-ubuntu-atareao-xenial.list.save
balena-etcher.list
balena-etcher.list.distUpgrade
balena-etcher.list.save
dhor-ubuntu-myway-xenial.list
dhor-ubuntu-myway-xenial.list.distUpgrade
dhor-ubuntu-myway-xenial.list.save
fossfreedom-ubuntu-rhythmbox-xenial.list
fossfreedom-ubuntu-rhythmbox-xenial.list.distUpgrade
fossfreedom-ubuntu-rhythmbox-xenial.list.save
gambas-team-ubuntu-gambas3-bionic.list
gambas-team-ubuntu-gambas3-bionic.list.save
gambas-team-ubuntu-gambas3-xenial.list
gambas-team-ubuntu-gambas3-xenial.list.distUpgrade
gambas-team-ubuntu-gambas3-xenial.list.save
libreoffice-ubuntu-ppa-xenial.list
libreoffice-ubuntu-ppa-xenial.list.distUpgrade
libreoffice-ubuntu-ppa-xenial.list.save
linphone-ubuntu-release-xenial.list
linphone-ubuntu-release-xenial.list.distUpgrade
linphone-ubuntu-release-xenial.list.save
mscore-ubuntu-ubuntu-mscore-stable-xenial.list
mscore-ubuntu-ubuntu-mscore-stable-xenial.list.distUpgrade
mscore-ubuntu-ubuntu-mscore-stable-xenial.list.save
nextcloud-devs-ubuntu-client-xenial.list
nextcloud-devs-ubuntu-client-xenial.list.distUpgrade
nextcloud-devs-ubuntu-client-xenial.list.save
nilarimogard-ubuntu-webupd8-xenial.list
nilarimogard-ubuntu-webupd8-xenial.list.distUpgrade
nilarimogard-ubuntu-webupd8-xenial.list.save
otto-kesselgulasch-ubuntu-gimp-edge-xenial.list
otto-kesselgulasch-ubuntu-gimp-edge-xenial.list.save
otto-kesselgulasch-ubuntu-gimp-xenial.list
otto-kesselgulasch-ubuntu-gimp-xenial.list.distUpgrade
otto-kesselgulasch-ubuntu-gimp-xenial.list.save
skype-stable.list
skype-stable.list.distUpgrade
skype-stable.list.save
tails-team-ubuntu-tails-installer-xenial.list
tails-team-ubuntu-tails-installer-xenial.list.save
teejee2008-ubuntu-ppa-xenial.list
teejee2008-ubuntu-ppa-xenial.list.distUpgrade
teejee2008-ubuntu-ppa-xenial.list.save
le troisième : 
deb http://ppa.launchpad.net/atareao/atareao/ubuntu bionic main #My weather indicator
# deb-src http://ppa.launchpad.net/atareao/atareao/ubuntu xenial main
deb https://deb.etcher.io stable etcher # BalenaEtcher
deb http://ppa.launchpad.net/dhor/myway/ubuntu bionic main #Rawtherapee
# deb-src http://ppa.launchpad.net/dhor/myway/ubuntu xenial main
# deb http://ppa.launchpad.net/gambas-team/gambas3/ubuntu bionic main #gambas
# deb-src http://ppa.launchpad.net/gambas-team/gambas3/ubuntu bionic main
deb http://ppa.launchpad.net/libreoffice/ppa/ubuntu bionic main #Libreoffice
# deb-src http://ppa.launchpad.net/libreoffice/ppa/ubuntu xenial main
deb http://ppa.launchpad.net/mscore-ubuntu/mscore-stable/ubuntu bionic main #Musescore
# deb-src http://ppa.launchpad.net/mscore-ubuntu/mscore-stable/ubuntu xenial main
deb http://ppa.launchpad.net/nextcloud-devs/client/ubuntu bionic main #Nexcloud
# deb-src http://ppa.launchpad.net/nextcloud-devs/client/ubuntu xenial main #NexCloud
deb http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic main # désactivé pour la mise à niveau vers bionic
# deb-src http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu xenial main
deb http://ppa.launchpad.net/otto-kesselgulasch/gimp/ubuntu bionic main #Gimp
# deb-src http://ppa.launchpad.net/otto-kesselgulasch/gimp/ubuntu xenial main
deb [arch=amd64] https://repo.skype.com/deb stable main
deb http://ppa.launchpad.net/teejee2008/ppa/ubuntu bionic main #aptik
je suis sur ubuntu 18.04
Le PPA Gambas3 désactivé, tu n'en as plus l'utilité ?

Idéalement, il faudrait corriger tous les dépôts qui ont une ligne deb-src (désactivée) en xenial pour la passer en bionic. Ceci pour éviter les problèmes au cas où tu actives les dépôts sources à un moment. Tu peux le faire facilement depuis Logiciels et mises à jour, dans le deuxième onglet.
J'ai besoin de gambas pour un logiciel de compta. J'ai désactivé le ppa pour évité les mises à jour, car la version de mon logiciel ne les supporterait pas et planterait.

Oui les ppa certains sont encore marqués de la version précédente car j'ai procédé à une mise à niveau pour passer de 16.04 à 18.04
C'est normal, la mise à niveau ne touche pas aux lignes commentées dans les fichiers .list mais il faudrait quand même les corriger au cas où. D'autant que tu as des paquets -dev installés.

Si tu ne veux pas mettre à jour Gambas, ça va peut-être compliquer un peu les choses pour s'y retrouver dans les paquets obsolètes. Mais bon, on va voir ce qu'on peut faire. La commande suivante va créer un fichier liste_paquets sur le bureau. Ouvre-le et poste son contenu : 
apt-cache policy aptik aptik-gtk audacious audacious-plugins audacious-plugins-data fonts-adf-baskervald fonts-adf-libris grisbi grisbi-common libampache-browser libaudcore5 libaudgui5 libaudtag3 libavcodec-ffmpeg-extra56 libavformat-ffmpeg56 libavutil-ffmpeg54 libbctoolbox0 libbluray1 libboost-date-time1.58.0 libboost-filesystem1.58.0 libboost-iostreams1.58.0 libboost-system1.58.0 libcdio-cdda1 libcdio13 libglew1.13 libhunspell-1.3-0 libicu55 liblinphone8 libmbedcrypto0 libmediastreamer-base7 libmediastreamer-voip7 libofx6 libopenjpeg5 libortp11 libpng12-0 libpng12-dev libpoppler58 libraw15 libschroedinger-1.0-0 libswresample-ffmpeg1 libswscale-ffmpeg3 libtidy-0.99-0 libva1 libvpx3 libwebp5 libx264-148 libx265-79 linphone-nogtk linphone-plugin-amr linphone-plugin-silk linphone-plugin-x264 linphone3-common nvidia-375 postgresql-9.5 postgresql-client-9.5 postgresql-contrib-9.5 tails-installer wine-stable wine-stable-amd64 wine-stable-i386 winehq-stable 1>~/Bureau/liste_paquets
le voilà : 
aptik:
  Installé : 18.8-0~201808040411~ubuntu16.04.1
  Candidat : 18.8-0~201808040411~ubuntu16.04.1
 Table de version :
 *** 18.8-0~201808040411~ubuntu16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
aptik-gtk:
  Installé : 18.8.2-0~201907211302~ubuntu16.04.1
  Candidat : 18.8.2-0~201907211302~ubuntu16.04.1
 Table de version :
 *** 18.8.2-0~201907211302~ubuntu16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
audacious:
  Installé : 3.10-1~webupd8~xenial0
  Candidat : 3.10-1~webupd8~xenial0
 Table de version :
 *** 3.10-1~webupd8~xenial0 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.10-1~webupd8~bionic0 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
     3.9-2 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
audacious-plugins:
  Installé : 3.10-1~webupd8~xenial0
  Candidat : 3.10-1~webupd8~xenial0
 Table de version :
 *** 3.10-1~webupd8~xenial0 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.10-1~webupd8~bionic1 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
     3.9-1build2 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
audacious-plugins-data:
  Installé : 3.10-1~webupd8~xenial0
  Candidat : 3.10-1~webupd8~xenial0
 Table de version :
 *** 3.10-1~webupd8~xenial0 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.10-1~webupd8~bionic1 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main i386 Packages
     3.9-1build2 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe i386 Packages
fonts-adf-baskervald:
  Installé : 0.20110505-3
  Candidat : 0.20110505-3
 Table de version :
 *** 0.20110505-3 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     0.20110505-1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe i386 Packages
fonts-adf-libris:
  Installé : 0.20110505-3
  Candidat : 0.20110505-3
 Table de version :
 *** 0.20110505-3 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     0.20110505-1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe i386 Packages
grisbi:
  Installé : 1.2.0-2
  Candidat : 1.2.0-2
 Table de version :
 *** 1.2.0-2 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     1.0.2-3build1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
grisbi-common:
  Installé : 1.2.0-2
  Candidat : 1.2.0-2
 Table de version :
 *** 1.2.0-2 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     1.0.2-3build1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe i386 Packages
libampache-browser:
  Installé : 0~git20160805-1~webupd8~xenial3
  Candidat : 0~git20160805-1~webupd8~xenial3
 Table de version :
 *** 0~git20160805-1~webupd8~xenial3 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     0~git20160805-1~webupd8~bionic3 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
libaudcore5:
  Installé : 3.10-1~webupd8~xenial0
  Candidat : 3.10-1~webupd8~xenial0
 Table de version :
 *** 3.10-1~webupd8~xenial0 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.10-1~webupd8~bionic0 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
     3.9-2 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
libaudgui5:
  Installé : 3.10-1~webupd8~xenial0
  Candidat : 3.10-1~webupd8~xenial0
 Table de version :
 *** 3.10-1~webupd8~xenial0 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.10-1~webupd8~bionic0 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
     3.9-2 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
libaudtag3:
  Installé : 3.10-1~webupd8~xenial0
  Candidat : 3.10-1~webupd8~xenial0
 Table de version :
 *** 3.10-1~webupd8~xenial0 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.10-1~webupd8~bionic0 500
        500 http://ppa.launchpad.net/nilarimogard/webupd8/ubuntu bionic/main amd64 Packages
     3.9-2 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
libavcodec-ffmpeg-extra56:
  Installé : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libavformat-ffmpeg56:
  Installé : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libavutil-ffmpeg54:
  Installé : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libbctoolbox0:
  Installé : 0.0.3+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 0.0.3+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 0.0.3+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libbluray1:
  Installé : 1:0.9.2-2
  Candidat : 1:0.9.2-2
 Table de version :
 *** 1:0.9.2-2 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libboost-date-time1.58.0:
  Installé : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
  Candidat : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
 Table de version :
 *** 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libboost-filesystem1.58.0:
  Installé : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
  Candidat : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
 Table de version :
 *** 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libboost-iostreams1.58.0:
  Installé : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
  Candidat : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
 Table de version :
 *** 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libboost-system1.58.0:
  Installé : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
  Candidat : 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1
 Table de version :
 *** 1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libcdio-cdda1:
  Installé : 0.83-4.2ubuntu1
  Candidat : 0.83-4.2ubuntu1
 Table de version :
 *** 0.83-4.2ubuntu1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libcdio13:
  Installé : 0.83-4.2ubuntu1
  Candidat : 0.83-4.2ubuntu1
 Table de version :
 *** 0.83-4.2ubuntu1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libglew1.13:
  Installé : 1.13.0-2
  Candidat : 1.13.0-2
 Table de version :
 *** 1.13.0-2 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libhunspell-1.3-0:
  Installé : 1.3.3-4ubuntu1
  Candidat : 1.3.3-4ubuntu1
 Table de version :
 *** 1.3.3-4ubuntu1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libicu55:
  Installé : 55.1-7ubuntu0.5
  Candidat : 55.1-7ubuntu0.5
 Table de version :
 *** 55.1-7ubuntu0.5 100
        100 /var/lib/dpkg/status
liblinphone8:
  Installé : 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libmbedcrypto0:
  Installé : 2.2.1-2ubuntu0.3
  Candidat : 2.2.1-2ubuntu0.3
 Table de version :
 *** 2.2.1-2ubuntu0.3 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libmediastreamer-base7:
  Installé : 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libmediastreamer-voip7:
  Installé : 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libofx6:
  Installé : 1:0.9.10-1+deb8u1build0.16.04.1
  Candidat : 1:0.9.10-1+deb8u1build0.16.04.1
 Table de version :
 *** 1:0.9.10-1+deb8u1build0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libopenjpeg5:
  Installé : 1:1.5.2-3.1
  Candidat : 1:1.5.2-3.1
 Table de version :
 *** 1:1.5.2-3.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libortp11:
  Installé : 1:0.25.0+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 1:0.25.0+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 1:0.25.0+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libpng12-0:
  Installé : 1.2.54-1ubuntu1.1
  Candidat : 1.2.54-1ubuntu1.1
 Table de version :
 *** 1.2.54-1ubuntu1.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libpng12-dev:
  Installé : 1.2.54-1ubuntu1.1
  Candidat : 1.2.54-1ubuntu1.1
 Table de version :
 *** 1.2.54-1ubuntu1.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libpoppler58:
  Installé : 0.41.0-0ubuntu1.14
  Candidat : 0.41.0-0ubuntu1.14
 Table de version :
 *** 0.41.0-0ubuntu1.14 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libraw15:
  Installé : 0.17.1-1ubuntu0.5
  Candidat : 0.17.1-1ubuntu0.5
 Table de version :
 *** 0.17.1-1ubuntu0.5 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libschroedinger-1.0-0:
  Installé : 1.0.11-2.1build1
  Candidat : 1.0.11-2.1build1
 Table de version :
 *** 1.0.11-2.1build1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libswresample-ffmpeg1:
  Installé : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libswscale-ffmpeg3:
  Installé : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libtidy-0.99-0:
  Installé : 20091223cvs-1.5
  Candidat : 20091223cvs-1.5
 Table de version :
 *** 20091223cvs-1.5 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libva1:
  Installé : 1.7.0-1ubuntu0.1
  Candidat : 1.7.0-1ubuntu0.1
 Table de version :
 *** 1.7.0-1ubuntu0.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libvpx3:
  Installé : 1.5.0-2ubuntu1.1
  Candidat : 1.5.0-2ubuntu1.1
 Table de version :
 *** 1.5.0-2ubuntu1.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libwebp5:
  Installé : 0.4.4-1
  Candidat : 0.4.4-1
 Table de version :
 *** 0.4.4-1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libx264-148:
  Installé : 2:0.148.2643+git5c65704-1
  Candidat : 2:0.148.2643+git5c65704-1
 Table de version :
 *** 2:0.148.2643+git5c65704-1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
libx265-79:
  Installé : 1.9-3
  Candidat : 1.9-3
 Table de version :
 *** 1.9-3 100
        100 /var/lib/dpkg/status
linphone-nogtk:
  Installé : 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.6.1-3build1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
linphone-plugin-amr:
  Installé : 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
linphone-plugin-silk:
  Installé : 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
linphone-plugin-x264:
  Installé : 1.5.2+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 1.5.2+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 1.5.2+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
linphone3-common:
  Installé : 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial
  Candidat : 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial
 Table de version :
 *** 3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
nvidia-375:
  Installé : 384.130-0ubuntu0.16.04.2
  Candidat : 384.130-0ubuntu0.16.04.2
 Table de version :
 *** 384.130-0ubuntu0.16.04.2 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     384.111-0ubuntu1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/restricted amd64 Packages
postgresql-9.5:
  Installé : 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
postgresql-client-9.5:
  Installé : 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
postgresql-contrib-9.5:
  Installé : 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1
  Candidat : 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1
 Table de version :
 *** 9.5.21-0ubuntu0.16.04.1 100
        100 /var/lib/dpkg/status
tails-installer:
  Installé : 5.0.6+dfsg-0ubuntu1~xenial
  Candidat : 5.0.6+dfsg-0ubuntu1~xenial
 Table de version :
 *** 5.0.6+dfsg-0ubuntu1~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
wine-stable:
  Installé : 3.0.4~xenial
  Candidat : 3.0.4~xenial
 Table de version :
 *** 3.0.4~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
     3.0-1ubuntu1 500
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
        500 http://ubuntu.mirrors.ovh.net/ubuntu bionic/universe i386 Packages
wine-stable-amd64:
  Installé : 3.0.4~xenial
  Candidat : 3.0.4~xenial
 Table de version :
 *** 3.0.4~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
wine-stable-i386:i386:
  Installé : 3.0.4~xenial
  Candidat : 3.0.4~xenial
 Table de version :
 *** 3.0.4~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
winehq-stable:
  Installé : 3.0.4~xenial
  Candidat : 3.0.4~xenial
 Table de version :
 *** 3.0.4~xenial 100
        100 /var/lib/dpkg/status
Concernant Grisbi et Linphone, est-ce que tu les as installés manuellement ? C'est pour savoir si ce serait pertinent de les remettre à la version des dépôts, sachant que Grisbi est un peu plus ancien et que Linphone n'a pas les plugins dans les dépôts (et est un peu plus ancien aussi) ?

Concernant aptik, à quoi correspondent les deux paquets que tu as (au début de la liste) ? Dans le PPA de teejee2008 que tu utilises, il y a un aptik-battery-monitor mais je ne sais pas si c'est la même chose ?
Oui Grisbi a été installé manuellement, pour Linphone, je ne sais plus et il me semble l'avoir désinstallé. Je ne peux plus installer grisbi des dépôt car mes fichiers actuels ne fonctionneraient plus.
Ok, on va garder Grisbi tel quel et remettre Linphone à la version des dépôts (tu pourras le supprimer ensuite si tu n'en as pas besoin).

Dans un premier temps, réinstalle ces paquets : 
sudo apt-get install --reinstall audacious=3.10-1~webupd8~bionic0 audacious-plugins=3.10-1~webupd8~bionic1 audacious-plugins-data=3.10-1~webupd8~bionic1 fonts-adf-baskervald=0.20110505-1 fonts-adf-libris=0.20110505-1 libampache-browser=0~git20160805-1~webupd8~bionic3 libaudcore5=3.10-1~webupd8~bionic0 libaudgui5=3.10-1~webupd8~bionic0 libaudtag3=3.10-1~webupd8~bionic0 linphone-nogtk=3.6.1-3build1 nvidia-375=384.111-0ubuntu1
des soucis de dépendances non résolus apparaissent : 
Lecture des listes de paquets... Fait
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Certains paquets ne peuvent être installés. Ceci peut signifier
que vous avez demandé l'impossible, ou bien, si vous utilisez
la distribution unstable, que certains paquets n'ont pas encore
été créés ou ne sont pas sortis d'Incoming.
L'information suivante devrait vous aider à résoudre la situation : 

Les paquets suivants contiennent des dépendances non satisfaites :
 audacious : Dépend: libaudqt2 (= 3.10-1~webupd8~bionic0) mais ne sera pas installé
 audacious-plugins : Dépend: libaudqt2 (>= 3.10-1~webupd8~bionic0) mais ne sera pas installé
 linphone-nogtk : Dépend: linphone-common (= 3.6.1-3build1) mais ne sera pas installé
E: Impossible de corriger les problèmes, des paquets défectueux sont en mode « garder en l'état ».
Ok, on va essayer juste les autres paquets : 
sudo apt-get install --reinstall fonts-adf-baskervald=0.20110505-1 fonts-adf-libris=0.20110505-1 libampache-browser=0~git20160805-1~webupd8~bionic3 nvidia-375=384.111-0ubuntu1
On supprimera Linphone et Audacious et on réinstallera ce dernier quand on aura nettoyé le reste.
dans l'installation, il me reparle de nextcloud : 
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  enblend enfuse libflann1.9 libimage-exiftool-perl libllvm9 libllvm9:i386
  libmime-charset-perl libpano13-3 libpano13-bin libposix-strptime-perl
  libsombok3 libunicode-linebreak-perl libvigraimpex6 nextcloud-client
  nextcloud-client-l10n nextcloud-client-nautilus
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les paquets suivants seront mis à une VERSION INFÉRIEURE :
  fonts-adf-baskervald fonts-adf-libris libampache-browser nvidia-375
0 mis à jour, 0 nouvellement installés, 4 remis à une version inférieure, 0 à enlever et 60 non mis à jour.
Il est nécessaire de prendre 365 ko dans les archives.
Après cette opération, 11,3 ko d'espace disque supplémentaires seront utilisés.
C'est pas grave, je pense que c'est un changement de packaging dans le dépôt que tu utilises (les paquets qui ont changé de nom, donc les anciens sont obsolètes).

Pour aptik, tu ne m'as pas répondu (j'avais édité mon message, tu n'as peut-être pas vu la question).

Je vois que tu as 60 paquets à mettre à jour. Profites-en pour le faire maintenant et voir si tout va bien : 
sudo apt-get update && sudo apt-get dist-upgrade
Effectivement je n'avais pas vu, je n'utilise qu'aptik avec son module graphique, pour ce qui est du paquet que tu cites je ne l'utilise pas.

Je lance les opérations.
Et maintenant que fais-je ?
Ensuite, donne-moi le retour de ça : 
sudo apt-get remove -s --purge aptik aptik-gtk audacious audacious-plugins audacious-plugins-data libampache-browser libaudcore5 libaudgui5 libaudtag3 libavcodec-ffmpeg-extra56 libavformat-ffmpeg56 libavutil-ffmpeg54 libbctoolbox0 libboost-date-time1.58.0 libboost-filesystem1.58.0 libboost-iostreams1.58.0 libboost-system1.58.0 libcdio-cdda1 libcdio13 libglew1.13 libhunspell-1.3-0 libicu55 liblinphone8 libmbedcrypto0 libmediastreamer-base7 libmediastreamer-voip7 libofx6 libopenjpeg5 libortp11 libpng12-0 libpng12-dev libpoppler58 libraw15 libschroedinger-1.0-0 libswresample-ffmpeg1 libswscale-ffmpeg3 libtidy-0.99-0 libva1 libvpx3 libwebp5 libx264-148 libx265-79 linphone-nogtk linphone-plugin-amr linphone-plugin-silk linphone-plugin-x264 linphone3-common postgresql-9.5 postgresql-client-9.5 postgresql-contrib-9.5 wine-stable wine-stable-amd64 wine-stable-i386i386 winehq-stable
Est-ce que dans cette longue liste de paquets, est-ce qu'il y en a que tu sais avoir installé manuellement et qu'il faudrait garder ?
voilà le retour de la commande : 
Construction de l'arbre des dépendances       
Lecture des informations d'état... Fait
Les paquets suivants ont été installés automatiquement et ne sont plus nécessaires :
  enblend enfuse gstreamer1.0-plugins-base:i386 libasn1-8-heimdal:i386
  libasound2:i386 libasound2-plugins:i386 libbluray1 libcairo2:i386
  libcap2:i386 libcapi20-3 libcapi20-3:i386 libcdparanoia0:i386
  libcomerr2:i386 libcue1 libcupsfilters-dev libexif12:i386 libflann1.9
  libgd3:i386 libgl1-mesa-glx:i386 libglu1-mesa:i386 libgoffice-0.10-10
  libgoffice-0.10-10-common libgphoto2-6:i386 libgphoto2-port12:i386
  libgsf-1-114 libgsf-1-common libgsm1:i386 libgssapi3-heimdal:i386
  libgstreamer-plugins-base1.0-0:i386 libgstreamer1.0-0:i386 libguess1
  libhcrypto4-heimdal:i386 libheimbase1-heimdal:i386 libheimntlm0-heimdal:i386
  libhx509-5-heimdal:i386 libicu60:i386 libimage-exiftool-perl
  libjack-jackd2-0:i386 libjbig-dev libkrb5-26-heimdal:i386 libldap-2.4-2:i386
  libllvm9 libllvm9:i386 libltdl7:i386 liblzma-dev libmime-charset-perl
  libmpg123-0:i386 libodbc1:i386 libopenal1:i386 libopus0:i386
  liborc-0.4-0:i386 libosmesa6 libosmesa6:i386 libpano13-3 libpano13-bin
  libpcap0.8:i386 libpixman-1-0:i386 libposix-strptime-perl libqt5concurrent5
  libroken18-heimdal:i386 libsamplerate0:i386 libsasl2-2:i386
  libsasl2-modules:i386 libsasl2-modules-db:i386 libsidplayfp4
  libsndio6.1:i386 libsombok3 libspeexdsp1:i386 libsqlite3-0:i386 libsrtp0
  libtheora0:i386 libtiff-dev libtiff5-dev libtiffxx5
  libunicode-linebreak-perl libusb-1.0-0:i386 libv4l-0:i386
  libv4lconvert0:i386 libvigraimpex6 libvisual-0.4-0:i386 libwebp6:i386
  libwind0-heimdal:i386 libxcb-render0:i386 libxcb-shm0:i386
  libxcomposite1:i386 libxcursor1:i386 libxinerama1:i386 libxml2:i386
  libxpm4:i386 libxrandr2:i386 libxslt1.1:i386 nextcloud-client
  nextcloud-client-l10n nextcloud-client-nautilus pv wine-stable-i386:i386
Veuillez utiliser « sudo apt autoremove » pour les supprimer.
Les paquets supplémentaires suivants seront installés : 
  libtidy5
Les paquets suivants seront ENLEVÉS :
  aptik* aptik-gtk* audacious* audacious-plugins* audacious-plugins-data*
  entangle* grisbi* libampache-browser* libaudcore5* libaudgui5* libaudqt2*
  libaudtag3* libavcodec-ffmpeg-extra56* libavformat-ffmpeg56*
  libavutil-ffmpeg54* libbctoolbox0* libboost-date-time1.58.0*
  libboost-filesystem1.58.0* libboost-iostreams1.58.0* libboost-system1.58.0*
  libcdio-cdda1* libcdio13* libcups2-dev* libcupsimage2-dev* libglew1.13*
  libhunspell-1.3-0* libicu55* liblinphone8* libmbedcrypto0*
  libmediastreamer-base7* libmediastreamer-voip7* libofx6* libopenjpeg5*
  libortp11* libpng12-0* libpng12-dev* libpoppler58* libraw15*
  libschroedinger-1.0-0* libswresample-ffmpeg1* libswscale-ffmpeg3*
  libtidy-0.99-0* libva1* libvpx3* libwebp5* libx264-148* libx265-79*
  linphone-nogtk* linphone-plugin-amr* linphone-plugin-silk*
  linphone-plugin-x264* linphone3-common* postgresql-9.5*
  postgresql-client-9.5* postgresql-contrib-9.5* wine-stable*
  wine-stable-amd64* winehq-stable*
Les NOUVEAUX paquets suivants seront installés :
  libtidy5
0 mis à jour, 1 nouvellement installés, 58 à enlever et 4 non mis à jour.
Purg aptik [18.8-0~201808040411~ubuntu16.04.1]
Purg aptik-gtk [18.8.2-0~201907211302~ubuntu16.04.1]
Purg audacious [3.10-1~webupd8~xenial0]
Purg audacious-plugins [3.10-1~webupd8~xenial0]
Purg audacious-plugins-data [3.10-1~webupd8~xenial0]
Purg entangle [1:0.7.1-dhor~xenial]
Purg grisbi [1.2.0-2]
Purg libampache-browser [0~git20160805-1~webupd8~bionic3]
Purg libaudtag3 [3.10-1~webupd8~xenial0]
Purg libaudgui5 [3.10-1~webupd8~xenial0]
Purg libaudcore5 [3.10-1~webupd8~xenial0] [libaudqt2:amd64 ]
Purg libaudqt2 [3.10-1~webupd8~xenial0]
Purg linphone-nogtk [3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg liblinphone8 [3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg linphone-plugin-x264 [1.5.2+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg libmediastreamer-voip7 [1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg libavformat-ffmpeg56 [7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1]
Purg libavcodec-ffmpeg-extra56 [7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1]
Purg libswresample-ffmpeg1 [7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1]
Purg libswscale-ffmpeg3 [7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1]
Purg libavutil-ffmpeg54 [7:2.8.15-0ubuntu0.16.04.1]
Purg libbctoolbox0 [0.0.3+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg libboost-date-time1.58.0 [1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1]
Purg libboost-filesystem1.58.0 [1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1]
Purg libboost-iostreams1.58.0 [1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1]
Purg libboost-system1.58.0 [1.58.0+dfsg-5ubuntu3.1]
Purg libcdio-cdda1 [0.83-4.2ubuntu1]
Purg libcdio13 [0.83-4.2ubuntu1]
Purg libcups2-dev [2.2.7-1ubuntu2.8] [libcupsimage2-dev:amd64 ]
Purg libcupsimage2-dev [2.2.7-1ubuntu2.8]
Purg libglew1.13 [1.13.0-2]
Purg libhunspell-1.3-0 [1.3.3-4ubuntu1]
Purg libicu55 [55.1-7ubuntu0.5]
Purg libmbedcrypto0 [2.2.1-2ubuntu0.3]
Purg linphone-plugin-amr [1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg linphone-plugin-silk [1.0.2+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg libmediastreamer-base7 [1:2.12.1+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg libofx6 [1:0.9.10-1+deb8u1build0.16.04.1]
Purg libopenjpeg5 [1:1.5.2-3.1]
Purg libortp11 [1:0.25.0+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg libpng12-dev [1.2.54-1ubuntu1.1]
Purg libpoppler58 [0.41.0-0ubuntu1.14]
Purg libpng12-0 [1.2.54-1ubuntu1.1]
Purg libraw15 [0.17.1-1ubuntu0.5]
Purg libschroedinger-1.0-0 [1.0.11-2.1build1]
Inst libtidy5 (1:5.2.0-2 Ubuntu:18.04/bionic [amd64])
Purg libtidy-0.99-0 [20091223cvs-1.5]
Purg libva1 [1.7.0-1ubuntu0.1]
Purg libvpx3 [1.5.0-2ubuntu1.1]
Purg libwebp5 [0.4.4-1]
Purg libx264-148 [2:0.148.2643+git5c65704-1]
Purg libx265-79 [1.9-3]
Purg linphone3-common [3.9.1+git20160511-1~ppa1~xenial]
Purg postgresql-contrib-9.5 [9.5.21-0ubuntu0.16.04.1]
Purg postgresql-9.5 [9.5.21-0ubuntu0.16.04.1]
Purg postgresql-client-9.5 [9.5.21-0ubuntu0.16.04.1]
Purg wine-stable [3.0.4~xenial] [winehq-stable:amd64 ]
Purg winehq-stable [3.0.4~xenial]
Purg wine-stable-amd64 [3.0.4~xenial]
Conf libtidy5 (1:5.2.0-2 Ubuntu:18.04/bionic [amd64])
La première fois que j'ai lancé la commande j'ai du un message 
Impossible de trouver le paquet wine-stable-i386i386
je l'ai donc supprimé de la liste.

Pour les paquets installés manuellement et qu'il faut garder il y a : aptik aptik-gtk
Audacious wine n'ont pas installé manuellement, linphone il y a longtemps que je l'ai supprimé.