Ça dépend de la façon dont il a été installé : sur une version en deb (installée depuis un dépôt ou un paquet deb), son dossier de configuration − dans lequel il ira chercher les WADs − est normalement ~/.config/gzdoom. Mais je vois qu'il y a un paquet snap de disponible, donc si tu l'as simplement installé depuis la Logithèque sans ajouter de dépôt tiers, c'est vraisemblablement cette version que tu as installée. Les snaps stockent leur configuration dans le dossier ~/snap. En l'occurrence, pour GZDoom, comme indiqué sur
sa page sur Snap Store, c'est ~/snap/gzdoom/current/.config/gzdoom.
Sachant que ~ est ton dossier perso et que les dossiers dont le nom commence par un point sont cachés.
À noter que tu n'as pas besoin de modifier le gzdoom.ini (qui est dans le même dossier) : si plusieurs WADs sont installés, GZDoom affichera une fenêtre pour en choisir un au lancement. Si tu n'en as qu'un, il le chargera automatiquement.
