Ah oui, le Snap Store n'a probablement pas de plugin disponible pour gérer les flatpaks. Après, tu peux aussi les gérer en ligne de commande mais si tu veux une interface, il faudrait remettre GNOME Software.
Mais du coup, tu vas te retrouver avec deux logithèques. À moins de supprimer le Snap Store, ce qui n'est probablement pas vraiment un problème en soi pour le moment mais à l'avenir, comme Canonical a l'air de vouloir tout miser dessus, je ne sais pas ce qu'il en sera.
Donc, pour réinstaller GNOME Software :
sudo apt-get install gnome-software gnome-software-plugin-flatpak gnome-software-plugin-snap
et si tu veux supprimer le Snap Store :
snap remove snap-store
