Ah. Si tu as besoin que ce disque externe soit exploitable depuis Windows et Linux, alors oui ce sera NTFS, FAT ( bof ) ou ExFAt ( mieux ) mais aucun de ceux là ne gèrent nativement les droits et permissions.
Quant à chiffrer un dossier tout en le gardant exploitable sous les deux systèmes, aucune idée de la faisabilité, désolé. Je ne serais pas étonné qu'il existe un logiciel multi-plateforme pour ça ( VeraCrypt ) si quelqu'un connaît, qu'il se manifeste !
Sinon, si uniquement depuis Linux,
Plasma Vault est un chouette utilitaire dans ce cas mais orienté KDE, je ne sais pas s'il y un équivalent sous les autres environnements.